學(xué)習(xí)小組Day6筆記-miemie嘉

R包的應(yīng)用

  • 什么是R包？

R包是多個(gè)函數(shù)的集合，具有詳細(xì)的說明和示例。
學(xué)生信，R語言必學(xué)的原因是豐富的圖表和Biocductor上面的各種生信分析R包

安裝和加載R包

鏡像設(shè)置

  1. 首先用file.edit()來編輯文件（在Rstudio中運(yùn)行）
    file.edit('~/.Rprofile')#.Rprofile就是一個(gè)代碼文件，如果啟動(dòng)時(shí)找到這個(gè)文件，那么就替我們先運(yùn)行一遍（這個(gè)過程就是在啟動(dòng)Rstudio時(shí)完成的）
    2.在Rprofile文件中編輯

options函數(shù)就是設(shè)置R運(yùn)行過程中的一些選項(xiàng)設(shè)置

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #對應(yīng)清華源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #對應(yīng)中科大源

當(dāng)然可以換成其他地區(qū)的鏡像

  1. 查詢鏡像是否設(shè)置妥當(dāng)
    關(guān)閉Rstudio后重啟，運(yùn)行

options()repos options()BioC_mirror

安裝包

install.packages(“包”)
或者
BiocManager::install(“包”)

加載包

library(包)
require(包)

dplyr五個(gè)基礎(chǔ)函數(shù)

dplyr五個(gè)基礎(chǔ)函數(shù).png

注：

| stringsAsFactors |

logical: should character vectors be converted to factors? The ‘factory-fresh’ default is TRUE, but this can be changed by setting [options](http://127.0.0.1:24786/help/library/base/help/options)(stringsAsFactors = FALSE).

|

  • tidyverse是一組處理與可視化R包的集合，其中g(shù)gplot2與dplyr最廣為人知。

核心包有以下一些：

ggplot2 - 可視化數(shù)據(jù)
dplyr - 數(shù)據(jù)操作語法，可以用它解決大部分?jǐn)?shù)據(jù)處理問題
tidyr - 清理數(shù)據(jù)
readr - 讀入表格數(shù)據(jù)
purrr - 提供一個(gè)完整一致的工具集增強(qiáng)R的函數(shù)編程
tibble - 新一代數(shù)據(jù)框
stringr - 提供函數(shù)集用來處理字符數(shù)據(jù)
forcats - 提供有用工具用來處理因子問題

作者：王詩翔
鏈接：http://www.itdecent.cn/p/f3c21a5ad10a
來源：簡書

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