kSNP3尋找SNPs并構建進化樹

1. kSNP3 安裝

cd ~/tools

wget?https://sourceforge.net/projects/ksnp/files/kSNP3.1_Linux_package.zip

unzip kSNP3.1_Linux_package.zip

加入環(huán)境變量：

vim ~/.bashrc

i

export PATH=$PATH:$HOME/tools/kSNP3.1_Linux_package/kSNP3

ESC

shift + ：

wq!

source ~/.bashrc

編輯主程序kSNP3的第8行：

將 set kSNP=/usr/local/kSNP3

改為：set kSNP=/home/lhl/tools/kSNP3.1_Linux_package/kSNP3

注：根據(jù)自己的路徑進行修改


2. 基本用法

將所有的基因組文件放于988_ksnp目錄之中，在其上一級目錄下運行命令創(chuàng)建輸入列表：

MakeKSNP3infile 988_ksnp inlist A

運行命令創(chuàng)建輸入序列集合：

MakeFasta inlist fastainput_988

計算最佳K值：

Kchooser fastainput_988

尋找SNPs并構建進化樹：

nohup kSNP3 -in inlist?-outdir SNPs_20181214 -k 23 -ML -NJ -vcf? -CPU 30 -core -min_frac 0.5 |tee Log_988_20181214.txt &

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