今天在Biostar上看到了這個關(guān)于samtools bedcov vs. bedtools coverage 問題的討論（https://www.biostars.org/p/195497/），感覺值得分享。

問題

po主用bedtools和samtools兩個工具對一個BAM的特定基因區(qū)域的覆蓋深度進行統(tǒng)計，卻得到了不同的結(jié)果，特來論壇求助。
他使用的命令行如下：
bedtools coverage -a exons.bed -b bam -d -counts
samtools bedcov gene.bed sample.bam

bedtools得到的結(jié)果如下：

chr1    69091   70008   "OR4F5" 61 #from bedtools coverage

samtools得到的結(jié)果如下：

chr1    69091   70008   "OR4F5" 4714  #from  samtools bedcov

可以看出bedtools給出的覆蓋深度是61，samtools給出的覆蓋深度是4714，兩個之間的差距還是很大的，這其中的原因是什么？

解惑

其實原因很簡單，bedtools coverage給出的統(tǒng)計量是目標區(qū)域的平均深度。而samtools bedcov給出的統(tǒng)計量是指bed區(qū)域內(nèi)每個堿基深度的加和，如果想要得到實際的平均深度，需要除以bed區(qū)域的長度。
最后值得注意的是，samtools bedcov 會忽略標記為duplicates, QC fail等的reads，但bedtools coverage不會.