問(wèn)題一:GO和KEGG富集倍數(shù)(Fold Enrichment)如何計(jì)算
見(jiàn)鏈接:https://zhuanlan.zhihu.com/p/264504322
問(wèn)題二:如何利用EXCEL計(jì)算Q值
BH算法的公式為:
Q value = p *(m/k)
其中,m是檢驗(yàn)的次數(shù),k是這次檢驗(yàn)的p value在所有檢驗(yàn)中的排名。
例如,我們對(duì)10000個(gè)基因進(jìn)行表達(dá)差異分析。那么每個(gè)基因都會(huì)得到一個(gè)p value?,F(xiàn)在,我要估算每個(gè)基因?qū)?yīng)的Q value,就可以用以上公式計(jì)算。由于檢驗(yàn)次數(shù)是10000次,理論上m=10000。然后將所有基因的p value從小到到大排序,確定每個(gè)基因?qū)?yīng)的k值。
如果一個(gè)基因?qū)?yīng)的p value在10000個(gè)基因中排名第一,那么這個(gè)基因?qū)?yīng)的k=1。如果一個(gè)基因?qū)?yīng)的p value在 10000個(gè)基因中排名第100,那么這個(gè)基因?qū)?yīng)的k=100。
第二部分參考:https://www.sohu.com/a/326691378_278730?qq-pf-to=pcqq.c2c