筆記整理
http://www.itdecent.cn/p/aeb2f74b4080
R包安裝 http://www.bio-info-trainee.com/3727.html
看了生信技能樹(shù)曾老師的R包安裝視頻教程，可到官網(wǎng)或者通過(guò)微云傳輸下載R包，根據(jù)電腦配置（有Window系統(tǒng)和Mac系統(tǒng)）選擇匹配的R包，在安裝過(guò)程中，選默認(rèn)安裝途徑就可以。
R包安裝指導(dǎo)http://www.itdecent.cn/p/f3ac3ec511da
已看過(guò)生信技能樹(shù)團(tuán)隊(duì)出品的R包安裝指導(dǎo)視頻教程。
簡(jiǎn)單了解二代測(cè)序https://share.weiyun.com/5dLV9A7 密碼：wsstn9
已看過(guò)鏈接中的視頻，了解二代測(cè)序的原理和方法。
R markdown使用
在作業(yè)中有
數(shù)據(jù)存讀：http://www.itdecent.cn/p/6ba9da4e2f5b
http://www.itdecent.cn/p/6ba9da4e2f5b
a<-read.csv('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt')
b<-read.csv('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt',)
d<-read.csv('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt',comment.char = '!',sep='\t')
f<-read.table('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt',sep = '\t',)
####dim（詢(xún)問(wèn)數(shù)據(jù)類(lèi)型的維度）
dim(d)
dim(f)
head(d)
head(f)
tail(d)
tail(f)
write.table(x = f,file = '0418.txt')
> a<-read.csv('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt')
> b<-read.csv('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt',)
> d<-read.csv('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt',comment.char = '!',sep='\t')
> f<-read.table('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt',sep = '\t',fill=T,skip=66,header=T)
> dim(d)
[1] 22277 7
> dim(f)
[1] 22278 7
> head(d)
ID_REF GSM431121 GSM431122 GSM431123 GSM431124 GSM431125 GSM431126
1 1007_s_at 481.59980 596.79062 2721.83475 2566.31563 2737.76320 2629.25380
2 1053_at 306.82972 224.97956 246.73288 251.85537 245.55677 196.34917
3 117_at 30.32576 27.28749 40.12724 40.04009 48.14327 37.57184
4 121_at 125.04107 147.67525 138.18675 160.26449 151.04978 143.56799
5 1255_g_at 19.87286 18.08049 19.11944 19.19024 21.11857 18.96300
6 1294_at 61.81515 57.12277 49.46442 45.69329 49.95233 46.70881
> head(f)
ID_REF GSM431121 GSM431122 GSM431123 GSM431124 GSM431125 GSM431126
1 1007_s_at 481.59980 596.79062 2721.83475 2566.31563 2737.76320 2629.25380
2 1053_at 306.82972 224.97956 246.73288 251.85537 245.55677 196.34917
3 117_at 30.32576 27.28749 40.12724 40.04009 48.14327 37.57184
4 121_at 125.04107 147.67525 138.18675 160.26449 151.04978 143.56799
5 1255_g_at 19.87286 18.08049 19.11944 19.19024 21.11857 18.96300
6 1294_at 61.81515 57.12277 49.46442 45.69329 49.95233 46.70881
> tail(d)
ID_REF GSM431121 GSM431122 GSM431123 GSM431124 GSM431125 GSM431126
22272 AFFX-ThrX-3_at 25.14590 25.55137 25.96761 26.44569 30.54909 24.86885
22273 AFFX-ThrX-5_at 19.88238 19.44767 19.86274 20.04666 22.50811 19.22124
22274 AFFX-ThrX-M_at 18.68637 18.06303 18.94539 19.43978 19.48697 18.94799
22275 AFFX-TrpnX-3_at 19.93025 20.31343 19.57098 19.91236 20.14536 20.05193
22276 AFFX-TrpnX-5_at 18.73988 19.09319 19.23404 18.54682 21.10093 18.34052
22277 AFFX-TrpnX-M_at 18.91361 19.58369 19.00904 18.34500 18.64643 17.76356
> tail(f)
ID_REF GSM431121 GSM431122 GSM431123 GSM431124 GSM431125 GSM431126
22273 AFFX-ThrX-5_at 19.88238 19.44767 19.86274 20.04666 22.50811 19.22124
22274 AFFX-ThrX-M_at 18.68637 18.06303 18.94539 19.43978 19.48697 18.94799
22275 AFFX-TrpnX-3_at 19.93025 20.31343 19.57098 19.91236 20.14536 20.05193
22276 AFFX-TrpnX-5_at 18.73988 19.09319 19.23404 18.54682 21.10093 18.34052
22277 AFFX-TrpnX-M_at 18.91361 19.58369 19.00904 18.34500 18.64643 17.76356
22278 !series_matrix_table_end NA NA NA NA NA NA
> write.table(x = f,file = '0418.txt')
作業(yè)
1.read.table參數(shù)理解
file:文件名（包在“”內(nèi)，或者使用一個(gè)字符型變量），可能需要全程路徑（注意即使是在windows下，符號(hào)\也不允許包含在內(nèi)，必須使用/替換），或者一個(gè)URL鏈接（http://...）(用URL對(duì)文件遠(yuǎn)程訪問(wèn))。
header：一個(gè)邏輯值（FALSE or TRUE）用來(lái)反映這個(gè)文件的第一行是否包含變量名。
sep：文件中的字段分隔符，例如對(duì)用制表符分隔的文件使用sep=“\t”。
quote：指定用于包圍字符型數(shù)據(jù)的字符。
dec：用來(lái)表示小數(shù)點(diǎn)的字符。
row.names：保存行名的向量，或文件中一個(gè)變量的序號(hào)或名字，缺省時(shí)行號(hào)取為1，2，3...
col.names：指定列名的字符向量（缺省值是：V1，V2,V3...）。
as.is：控制是否將字符型變量轉(zhuǎn)化為因子型變量（如果值為FALSE），或者仍將其保留為字符型（TRUE）。as.is可以是邏輯型，數(shù)值型或字符型向，用來(lái)判斷變量是否被保留為字符。
na.strings：代表缺失數(shù)據(jù)的值（轉(zhuǎn)化NA）。
colClasses：指定各列的數(shù)據(jù)類(lèi)型的一個(gè)字符型變量。
nrows：可以讀取的最大行數(shù)（忽略負(fù)值）。
skip：在讀取數(shù)據(jù)前跳過(guò)的行數(shù)。
check.names：如果為T(mén)RUE，則檢查變量名是否存在R中有效。
fill：如果為T(mén)RUE且非所有的行中變量數(shù)目相同，則用空白填補(bǔ)。
strip.white：在sep已指定的情況下，如果為T(mén)RUE，則刪除字符型變量前后多余的空格。
blank.lines.skip：如果為T(mén)RUE，忽略空白行。
comment.char：一個(gè)字符用來(lái)在數(shù)據(jù)文件中寫(xiě)注釋?zhuān)赃@個(gè)字符開(kāi)頭的行將被忽略（要禁用這個(gè)參數(shù)，可使用comment.char=""）。
2.運(yùn)行各參數(shù)后，找出你認(rèn)為讀取文件用得比較多的參數(shù)
讀取文件用得比較多的參數(shù)有：
“header”，“sep”，“quote”，“na.strings”，“fill”，“strip.white ”，“blank.lines.skip”，“comment.char ”，“”等等。
3.對(duì)上述參數(shù)用法進(jìn)行理解并整理
header：按照慣例，首行只有對(duì)應(yīng)列的字段而沒(méi)有行標(biāo)簽對(duì)應(yīng)的字段。因此，它會(huì)比余下的行少一個(gè)字段。（如果需要在 R 里面看到這一行，設(shè)置 header = TRUE。）如果要讀取的文件里面有行標(biāo)簽的頭字段（可能是空的），以下面的方式讀取
read.table("file.dat", header = TRUE, row.names = 1)
列名字可以通過(guò) col.names 顯式地設(shè)定；顯式設(shè)定的名字會(huì)替換首行里面的列名字（如果存在的話）。
sep：通常，打開(kāi)文件看一下就可以確定文件所使用的字段分隔符，但對(duì)于空白分割的文件，可以選擇默認(rèn)的sep = "" （它能使用任何空白符作為分隔符，比如空格，制表符，換行符）， sep = " " 或者 sep = "\t"。注意，分隔符的選擇會(huì)影響輸入的被引用的字符串。如果你有含有空字段的制表符分割的文件，一定要使用 sep = "\t"。
quote：默認(rèn)情況下，字符串可以被 " 或 ' 括起，并且兩種情況下，引號(hào)內(nèi)部的字符都作為字符串的一部分。有效的引用字符（可能沒(méi)有）的設(shè)置由參數(shù) quote 控制。對(duì)于sep = "\n"，默認(rèn)值改為 quote = ""。如果沒(méi)有設(shè)定分隔字符，在被引號(hào)括起的字符串里面，引號(hào)需要用 C格式的逃逸方式逃逸，即在引號(hào)前面直接加反斜杠 \。如果設(shè)定了分隔符，在被引號(hào)括起的字符串里面，按照電子表格的習(xí)慣，把引號(hào)重復(fù)兩次以達(dá)到逃逸的效果。
na.strings ：默認(rèn)情況下，文件是假定用 NA 表示缺損值，但是，這可以通過(guò)參數(shù) na.strings 改變。參數(shù) na.strings 是一個(gè)可以包括一個(gè)或多個(gè)缺損值得字符描述方式的向量。 數(shù)值列的空字段也被看作是缺損值。在數(shù)值列，值 NaN，Inf 和 -Inf 都可以被接受的。
fill：從一個(gè)電子表格中導(dǎo)出的文件通常會(huì)把拖尾的空字段。
strip.white ：如果設(shè)定了分隔符，字符字段起始和收尾處的空白會(huì)作為字段一部分看待的。為了去掉這些空白，可以使用參數(shù) strip.white = TRUE。
blank.lines.skip：默認(rèn)情況下，read.table 忽略空白行。這可以通過(guò)設(shè)置 blank.lines.skip = FALSE 來(lái)改變。但這個(gè)參數(shù)只有在和 fill = TRUE 共同使用時(shí)才有效。這時(shí)，可能是用空白行表明規(guī)則數(shù)據(jù)中的缺損樣本。
comment.char：默認(rèn)情況下，read.table 用 # 作為注釋標(biāo)識(shí)字符。如果碰到該字符（除了在被引用的字符串內(nèi)），該行中隨后的內(nèi)容將會(huì)被忽略。只含有空白和注釋的行被當(dāng)作空白行。
如果確認(rèn)數(shù)據(jù)文件中沒(méi)有注釋內(nèi)容，用 comment.char = "" 會(huì)比較安全 （也可能讓速度比較快）。
4.read.csv參數(shù)理解
file:文件名（包在“”內(nèi)，或者使用一個(gè)字符型變量），可能需要全程路徑（注意即使是在windows下，符號(hào)\也不允許包含在內(nèi)，必須使用/替換），或者一個(gè)URL鏈接（http://...）(用URL對(duì)文件遠(yuǎn)程訪問(wèn))。
header：一個(gè)邏輯值（FALSE or TRUE）用來(lái)反映這個(gè)文件的第一行是否包含變量名。
sep：文件中的字段分隔符，例如對(duì)用制表符分隔的文件使用sep=“\t”。
quote：指定用于包圍字符型數(shù)據(jù)的字符。
dec：用來(lái)表示小數(shù)點(diǎn)的字符。
fill：如果為T(mén)RUE且非所有的行中變量數(shù)目相同，則用空白填補(bǔ)。
comment.char：一個(gè)字符用來(lái)在數(shù)據(jù)文件中寫(xiě)注釋?zhuān)赃@個(gè)字符開(kāi)頭的行將被忽略（要禁用這個(gè)參數(shù)，可使用comment.char=""）。
5.運(yùn)行各參數(shù)后，找出你認(rèn)為讀取文件用得比較多的參數(shù)
read.csv里的參數(shù)不多，如運(yùn)行以下命令時(shí)，讀取文件用得比較多的參數(shù)有，“header”，“ sep ”，“ quote”，“dec”，“fill ”，“comment.char ”。
a<-read.csv('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt')
b<-read.csv('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt',)
d<-read.csv('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt',comment.char = '!',sep='\t')
f<-read.table('/Users/chenjiangshu/cjs-beginner/GSE17215_series_matrix.txt',sep = '\t',)
####dim（詢(xún)問(wèn)數(shù)據(jù)類(lèi)型的維度）
dim(d)
dim(f)
head(d)
head(f)
tail(d)
tail(f)
write.table(x = f,file = '0418.txt')
6.對(duì)上述參數(shù)用法進(jìn)行理解并整理
header：按照慣例，首行只有對(duì)應(yīng)列的字段而沒(méi)有行標(biāo)簽對(duì)應(yīng)的字段。因此，它會(huì)比余下的行少一個(gè)字段。（如果需要在 R 里面看到這一行，設(shè)置 header = TRUE。）如果要讀取的文件里面有行標(biāo)簽的頭字段（可能是空的），以下面的方式讀取
read.table("file.dat", header = TRUE, row.names = 1)
列名字可以通過(guò) col.names 顯式地設(shè)定；顯式設(shè)定的名字會(huì)替換首行里面的列名字（如果存在的話）。
sep：通常，打開(kāi)文件看一下就可以確定文件所使用的字段分隔符，但對(duì)于空白分割的文件，可以選擇默認(rèn)的sep = "" （它能使用任何空白符作為分隔符，比如空格，制表符，換行符）， sep = " " 或者 sep = "\t"。注意，分隔符的選擇會(huì)影響輸入的被引用的字符串。如果你有含有空字段的制表符分割的文件，一定要使用 sep = "\t"。
quote：默認(rèn)情況下，字符串可以被 " 或 ' 括起，并且兩種情況下，引號(hào)內(nèi)部的字符都作為字符串的一部分。有效的引用字符（可能沒(méi)有）的設(shè)置由參數(shù) quote 控制。對(duì)于sep = "\n"，默認(rèn)值改為 quote = ""。如果沒(méi)有設(shè)定分隔字符，在被引號(hào)括起的字符串里面，引號(hào)需要用 C格式的逃逸方式逃逸，即在引號(hào)前面直接加反斜杠 \。如果設(shè)定了分隔符，在被引號(hào)括起的字符串里面，按照電子表格的習(xí)慣，把引號(hào)重復(fù)兩次以達(dá)到逃逸的效果。
fill：從一個(gè)電子表格中導(dǎo)出的文件通常會(huì)把拖尾的空字段。
strip.white ：如果設(shè)定了分隔符，字符字段起始和收尾處的空白會(huì)作為字段一部分看待的。為了去掉這些空白，可以使用參數(shù) strip.white = TRUE。
comment.char：默認(rèn)情況下，read.table 用 # 作為注釋標(biāo)識(shí)字符。如果碰到該字符（除了在被引用的字符串內(nèi)），該行中隨后的內(nèi)容將會(huì)被忽略。只含有空白和注釋的行被當(dāng)作空白行。
如果確認(rèn)數(shù)據(jù)文件中沒(méi)有注釋內(nèi)容，用 comment.char = "" 會(huì)比較安全 （也可能讓速度比較快）。
7.Rmarkdown 的各部件功能理解（文字描述）
在RStudio中從文件夾“file”的子目錄“New file”里打開(kāi)R markdown：
了解markdown一些選項(xiàng)和圖標(biāo)的功能：
如圖中的解釋?zhuān)?/p>
8.安裝R包 pheatmap，并截圖安裝結(jié)果
9.pheatmap的功能了解（文字描述）
R語(yǔ)言中的pheatmap包是制作熱圖的一個(gè)工具，在基因表達(dá)中，根據(jù)得來(lái)的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，在使用pheatmap制作的基因表達(dá)或其它測(cè)試結(jié)果的熱圖中，如可以用不同顏色展示基因的表達(dá)量的差異。
10.pheatmap對(duì)讀到的數(shù)據(jù)進(jìn)行畫(huà)圖（圖片展示）
注：引用網(wǎng)上的數(shù)據(jù)(https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72770404)練習(xí)，剛接觸，需要花一些時(shí)間去了解
library(pheatmap)
#創(chuàng)建數(shù)據(jù)集test測(cè)試矩陣
test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")
# 用pheatmap函數(shù)畫(huà)熱圖
pheatmap(test)
在熱圖格子里展示文本
pheatmap(test, display_numbers = TRUE)
pheatmap(test, display_numbers = TRUE, number_format = "\%.1e")
pheatmap(test, display_numbers = matrix(ifelse(test > 5, "*", ""), nrow(test)))
pheatmap還可以顯示行或列的分組信息，支持多種分組；
annotation_col = data.frame(CellType = factor(rep(c("CT1", "CT2"), 5)), Time = 1:5)
rownames(annotation_col) = paste("Test", 1:10, sep = "")
annotation_row = data.frame(GeneClass = factor(rep(c("Path1", "Path2", "Path3"), c(10, 4, 6))))
rownames(annotation_row) = paste("Gene", 1:20, sep = "")
pheatmap(test, annotation_col = annotation_col, annotation_row = annotation_row)
