單細胞轉錄組學測序是近幾年最熱門的組學技術之一，在很多高分文章中單細胞測序數據頻繁出現。除去單細胞數據本身質量和數據中挖掘到的重點分子，數據的可視化展示也是一篇文章的組成核心。CNS或者其他高質量文章中單細胞的可視化能夠條例清晰，直觀明確地表達出作者希望闡述的單細胞數據特征。但是，基礎流程提供的常規(guī)基礎分析結果，往往數據可視化結果與高分文章中的圖片相差甚遠。

在過去的一年中，SBC突破重重困難，經過大量的調研與分析，總結了100篇高分單細胞轉錄組文獻，統計了文獻中出現的圖表類型，次數，展示形式，并將其一一復現，為您的單細胞數據向著文獻發(fā)表更進一步。

01??細胞分群圖

單細胞數據進行預處理之后，我們就開始分析細胞聚類分群和細胞類型鑒定?；诿總€細胞的基因表達情況，進行細胞聚類。為了直觀地了解分群結果，我們需要畫降維可視化圖（TSNE/UMAP）。我們看到相關圖片存在于90%文獻中，共出現超200次。文章中的展示圖大多是下面的這種方式，經過細胞注釋后標注到細胞分群圖中，即使縮小放到文章中，看起來也是色彩和諧，標簽清晰，一目了然。

但當您自己同樣用Seurat包畫出的展示圖（如下）卻是……，默認配色比較普通，放到文章中縮小到相同比例，就看不清坐標系和分群結果，致使文章遜色。

怎么樣能得到更加美觀的，發(fā)文章直接能用的圖呢，用心打造經典，我們通過人工的多次調試與修正，得到如文章中的展示結果，如下：

02??按樣本/分組分群圖

除細胞分群圖外，當單細胞測序數據是多樣本時，我們也需要看樣本/分組在分群中的位置或者占比。相關圖片在文獻中超過50%以上出現，共出現198次。文獻中的展示形式如下：

我們按照文章中的展示形式復現如下，展示方式和細胞分群圖相似，通過用心的調試，盡量考慮每個研究的樣本數，細胞數，總體分布和諧性：

03??細胞豐度統計圖

細胞分群圖在視覺上看起來很絢目，但是無法直觀地看出占比，這時候就需要細胞豐度統計圖，按樣本/分組展示細胞群的比例結果或者每個細胞群中樣本的占比情況。在文獻中看到相關圖片出現比率超過75%，圖片數量超過300次。

我們所展示的柱狀圖左邊的是每個細胞群中樣本的占比，橫坐標是細胞群，縱坐標為樣本占比數據，柱子代表樣本，不同顏色代表不同樣本；右邊為每個樣本中的細胞群占比展示圖。根據項目的需要，可進行多種樣式調整：

除柱狀圖以外，我們還提供了多種展示形式供君選擇，如堆疊圖，餅圖。

此外，如果原始數據差異不同，可以改變展示圖的部分參數，使得展示效果更明顯一些。

以上幾個基本的展示形式，Figure 1的輪廓基本成型，結果如下圖所示：

本篇只闡述了細胞聚類和細胞統計的展示方式，其他分析且聽下回分解，本次的分享就到這里。