轉(zhuǎn)錄組是一類(lèi)讓人既愛(ài)又恨的項(xiàng)目，實(shí)驗(yàn)門(mén)檻低，卻是文章泛濫的重災(zāi)區(qū)，總有人問(wèn)小編，現(xiàn)在轉(zhuǎn)錄組還能發(fā)文章嗎？下面小編就借一篇2020年5月4日發(fā)表在BMC Genomics上題為：Transcriptome analysis reveals rapid defence responses in wheat induced by phytotoxic aphid Schizaphis graminum feeding 的文章，詳細(xì)地論述下2020年轉(zhuǎn)錄組文章到底有多難發(fā)？怎么發(fā)？下面我們先看下這篇文章具體內(nèi)容：實(shí)驗(yàn)簡(jiǎn)介：文章研究的是小麥幼苗在麥二叉蚜采食后的快速防衛(wèi)反應(yīng)，分別于采食2、6、12、24、48 h后取幼苗葉片（3次生物學(xué)重復(fù)），進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、葉綠素測(cè)定以及H2O2 積累測(cè)定以及NADPH抑制劑處理進(jìn)一步探究小麥在咬食后氧迸發(fā)防御機(jī)制。實(shí)驗(yàn)結(jié)果：

1.?麥二叉蚜采食后小麥轉(zhuǎn)錄組分析這部分結(jié)果展示比較套路，主要是通過(guò)PCA分析看了下樣品相關(guān)性及處理效應(yīng)，介紹了一下差異基因總體情況。如下圖：

2. 差異基因GO分析作者按上調(diào)/下調(diào)基因集分別進(jìn)行GO注釋?zhuān)磿r(shí)間點(diǎn)分別論述上調(diào)/下調(diào)基因集富集情況，如下圖：

3.?麥二叉蚜采食后小麥葉片葉綠素含量變化從差異基因GO分析可以看出，蚜蟲(chóng)采食可以負(fù)向調(diào)控小麥的光合作用過(guò)程、光捕獲和光系統(tǒng)相關(guān)基因，所以作者又測(cè)定了采食后小麥葉片葉綠素含量變化，如下圖：

4.?麥二叉蚜采食后小麥葉片中水楊酸、茉莉酸相關(guān)防御途徑的基因表達(dá)參與SA生物合成的苯丙氨酸解氨酶(PAL)基因在不同時(shí)間點(diǎn)均顯著上調(diào)，但表達(dá)水平隨采食時(shí)間的增加而逐漸降低；茉莉酸代謝途徑中三種脂氧合酶(LOX)基因均顯著上調(diào)；受MAPKs調(diào)控的WRKY轉(zhuǎn)錄因子也顯示上調(diào)，如下圖：

5.?二叉蚜采食后小麥葉片中過(guò)氧化氫(H2O2)積累和抗氧化酶活性的變化蚜蟲(chóng)采食明顯上調(diào)活性氧清除基因的表達(dá)，進(jìn)一步通過(guò)3,3 ' -二氨基聯(lián)苯胺(DAB)對(duì)小麥小麥葉片進(jìn)行細(xì)胞學(xué)染色，采食2h后就出現(xiàn)H2O2積累，并且隨采食時(shí)間的延長(zhǎng)，斑點(diǎn)數(shù)量和大小逐漸增加，如下圖：

6. NADPH氧化酶抑制對(duì)小麥葉片H2O2積累和防御反應(yīng)的影響NADPH氧化酶抑制劑二苯碘銨(DPI)不僅能明顯抑制由采食引起的氧迸發(fā)，并且對(duì)小麥葉片防御應(yīng)答基因表達(dá)水平也有明顯的下調(diào)作用。

以上就是該篇文章全部結(jié)果，回頭來(lái)看，這個(gè)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)并不復(fù)雜，內(nèi)容也不是過(guò)多，為啥人家能發(fā)表而你卻被拒稿呢？要知道，就這個(gè)2區(qū)3.5分影響因子的BMC Genomics ，也是很多人渴望而不可得的存在。

2020年，轉(zhuǎn)錄組類(lèi)文章到底有多難發(fā)？從這篇文章我們可以看到，文章并沒(méi)有你想像中的難發(fā)，我試著從中提煉以下幾點(diǎn)，希望對(duì)您有所借鑒。

1. 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)相對(duì)合理，層級(jí)遞進(jìn)，取樣點(diǎn)與植物防衛(wèi)三級(jí)級(jí)聯(lián)反應(yīng)基本對(duì)應(yīng)，后續(xù)分析論述層次較為分明。

2. 轉(zhuǎn)錄組僅是的實(shí)驗(yàn)中的一部分，套路式的羅列結(jié)果的時(shí)代已沒(méi)過(guò)去了，將轉(zhuǎn)錄組與其他指標(biāo)融合在一起，就像本文中，除了轉(zhuǎn)錄組，作者還進(jìn)一步進(jìn)行了生理指標(biāo)測(cè)定，如葉綠素含量、氧迸發(fā)等，基因關(guān)聯(lián)性狀，使結(jié)果更有說(shuō)服力。

3. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)介紹切忌空泛，要結(jié)合其他生理生化指標(biāo)，提煉出某些相關(guān)基因加以展示，如本文中葉綠素含量與表達(dá)下調(diào)的光捕獲、光和作用相關(guān)的基因；H2O2積累和抗氧化酶活性的變化等。

4. 論文精華都在討論部分，多引用他人數(shù)據(jù)佐證自己的結(jié)果，能做到旁征博引，論文一般都錯(cuò)不了！精讀文獻(xiàn)原文，請(qǐng)點(diǎn)擊文末“閱讀原文” 直達(dá)。

2020年，轉(zhuǎn)錄組類(lèi)文章有多難發(fā)？其實(shí)難的是你不肯轉(zhuǎn)變觀念，時(shí)代不同了，老套路也就過(guò)時(shí)了；很多老師目前面對(duì)的難題不是手里沒(méi)數(shù)據(jù)，也不是不會(huì)寫(xiě)論文，而是數(shù)據(jù)看不明白，分析便無(wú)從下手，這個(gè)梗不破，怎么發(fā)文章？！我給大家推薦一部《轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果解讀》視頻教程，輕松解決您看不懂轉(zhuǎn)錄組結(jié)果數(shù)據(jù)的難題。

有參轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果的解讀

https://study.163.com/course/introduction/1004723037.htm?share=1&shareId=1031484705

無(wú)參轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果的解讀

https://study.163.com/course/introduction/1005207017.htm?share=1&shareId=1031484705

轉(zhuǎn)錄組標(biāo)準(zhǔn)分析后的數(shù)據(jù)挖掘技巧

https://study.163.com/course/introduction/1209486887.htm?share=1&shareId=1031484705

WGCNA-加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析

https://study.163.com/course/introduction/1005023004.htm?share=1&shareId=1031484705

更多技能學(xué)習(xí)鏈接：

http://m.study.163.com/provider/400000000234009/index.htm?share=1&shareId=1031484705

更多生物信息課程：

1. 文章越來(lái)越難發(fā)？是你沒(méi)發(fā)現(xiàn)新思路，基因家族分析發(fā)2-4分文章簡(jiǎn)單快速，學(xué)習(xí)鏈接：基因家族分析實(shí)操課程、基因家族文獻(xiàn)思路解讀

2. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)理解不深入？圖表看不懂？點(diǎn)擊鏈接學(xué)習(xí)深入解讀數(shù)據(jù)結(jié)果文件，學(xué)習(xí)鏈接：轉(zhuǎn)錄組（有參）結(jié)果解讀；轉(zhuǎn)錄組（無(wú)參）結(jié)果解讀

3. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)深入挖掘技能-WGCNA，提升你的文章檔次，學(xué)習(xí)鏈接：WGCNA-加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析

4. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)怎么挖掘？學(xué)習(xí)鏈接：轉(zhuǎn)錄組標(biāo)準(zhǔn)分析后的數(shù)據(jù)挖掘、轉(zhuǎn)錄組文獻(xiàn)解讀

5.微生物16S/ITS/18S分析原理及結(jié)果解讀、OTU網(wǎng)絡(luò)圖繪制、cytoscape與網(wǎng)絡(luò)圖繪制課程

6. 生物信息入門(mén)到精通必修基礎(chǔ)課，學(xué)習(xí)鏈接：linux系統(tǒng)使用、perl入門(mén)到精通、perl語(yǔ)言高級(jí)、R語(yǔ)言畫(huà)圖

7. 醫(yī)學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)挖掘課程，不用做實(shí)驗(yàn)也能發(fā)文章，學(xué)習(xí)鏈接：TCGA-差異基因分析、GEO芯片數(shù)據(jù)挖掘、GSEA富集分析課程、TCGA臨床數(shù)據(jù)生存分析、TCGA-轉(zhuǎn)錄因子分析、TCGA-ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析

8.其他課程鏈接：二代測(cè)序轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)自主分析、NCBI數(shù)據(jù)上傳、二代測(cè)序數(shù)據(jù)解讀。