了解測序

測序目前已經(jīng)發(fā)展到了第三代，但是我個人感覺用的最多的還是二代測序。

一代測序

20世紀(jì)70年代，F(xiàn)rederic Sanger 發(fā)明了雙脫氧終止反應(yīng)法，通過加入ddNTP在擴增過程中結(jié)合到相應(yīng)位置，然后利用電泳分開擴增的片段，讀出一個一個的堿基，準(zhǔn)確路十分高，但是低通量。

二代測序

二代測序，高通量，速度快，但是錯誤率增加。
主要的平臺包括：　
1.羅氏454公司的GS FLX sequencer
2.Illumina solexa genome analyzer
3.ABI公司的SOLiD sequencer

流程

第一步

首先是建庫，將DNA用超聲波打斷，然后用酶將末端補平，然后再3‘端加入一個A堿基，在兩端加上互補配對的adapter，再通過PCR擴增達到一定濃度，構(gòu)成單鏈DNA文庫。

第二步

上樣至flowcell（流動池中，里面有不同的lane），DNA片段與lane表面的短序列配對，進行橋式PCR擴增

擴增

加入堿性液體解聚，沖刷掉未共價結(jié)合的DNA模板鏈，繼續(xù)擴增

擴增

擴增

橋式PCR完成后，通過切割，沖洗形成單鏈DNA。

第三步

接下來進行測序，加入測序引物以及含疊氮基團及熒光基團的dNTP，這樣邊合成邊測序，加入化學(xué)試劑淬滅熒光信號并使dNTP 3’ 疊氮基團變成羥基，繼續(xù)進行下一步合成直至所有測完。
完成之后進行index1的測序，通過index1的引物來測定，之后再測index2序列。

index測序

之后就再進行橋式PCR，只不過這次最后留下來的是Reverse模板鏈，就相當(dāng)于反向測序一次，這樣就完成了雙端測序。

三代測序

三代測序發(fā)展方向太多，人們希望提高測序效率、提高測序通量、提高測序準(zhǔn)確率、避免PCR擴增和避免熒光檢測等等。但準(zhǔn)確率同樣變低。
三代測序包括：
Pacific BioSciences公司的實時單分子測序（real-time single-molecule）和complete genomics公司的復(fù)合探針-錨定連接技術(shù)（combinatorial probe-anchor ligation，cPAL），都依靠熒光檢測來測序，但他們提高的是測序速度和通量；
Life technologies公司的離子流探測測序設(shè)備（Ion torrent）使用離子流場效應(yīng)半導(dǎo)體感應(yīng)器（ion-sensitive field effect transistor）,依靠邊合成邊測序的中心概念，檢測每次添加堿基時候釋放出的離子流，從而避免了傳統(tǒng)第二代的熒光檢測；
Oxford nanopore公司的納米孔單分子測序技術(shù)，同樣也避免了熒光檢測和對主體DNA序列的PCR擴增。
三代測序?qū)Ρ热缦聢D（圖來自生信星球）

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NGS組學(xué)

1.基因組學(xué)

（1）全基因組測序（WGS）
（2）全外顯子組測序（WES）
（3）簡化基因組測序（RRGS）

2.轉(zhuǎn)錄組學(xué)

（1）mRNA-Seq
（2）IncRNA-Seq（長鏈非編碼RNA）
（3）sRNA-Seq（主要是miRNA-Seq）

3.蛋白質(zhì)組學(xué)

4.代謝組學(xué)

最后是思維導(dǎo)圖

思維導(dǎo)圖

組學(xué)分類