配置SJARANe安裝環(huán)境
conda create -n py36 python=3.6.1 (交大鏡像有)
source activate py36
conda install numpy==1.14.2
conda install scipy==1.0.1
conda install XlsxWriter==1.0.2
conda install pandas==0.22.0
pip install argparse==1.1
anaconda官網(wǎng)下載python-igraph==0.7.1.post7.tar.gz, 然后conda install --use-local XXX.python-igraph.0.7.1.post7.tar.gz
安裝SJARCNe
github下載SJARCNe 1.0.0版本，解壓
py36下python setup.py install即可
運(yùn)行SJARCNe
安裝完成后，py36下輸入
sjaracne TF input.exp tf.txt ./tf_out
sjaracne SIG input.exp sig.txt ./sig_out
注意：
- 該腳本是后臺(tái)運(yùn)行的，執(zhí)行上述代碼后，會(huì)出現(xiàn)[INFO] --> [ARCN]和[MICA] finishd，然后跳到命令執(zhí)行完畢的樣子，此時(shí)不要理他，讓他自己跑，是在后臺(tái)運(yùn)行的；
- 如果出現(xiàn)get_consensus_network.py和get_enhanced_consensus_netwoek.py permission denied的報(bào)錯(cuò)信息，是由于這兩個(gè).py文件執(zhí)行權(quán)限不夠造成的，需要先提高他們的權(quán)限:搜索 SJARACNE, 找到 XXX.egg/SJARACNE 路徑 (ubuntu下為/Home/miniconda3/envs/py36/lib/python3.6/site-packages/SJARACNE-0.1.0-py3.6.egg/SJARACNe)，進(jìn)入該文件夾，執(zhí)行命令
chmod 777 get_consensus_network.py和chmod 777 get_enhanced_consensus_network.py即可(777是最高執(zhí)行權(quán)限) - 此時(shí)還是會(huì)報(bào)錯(cuò)，import igraph時(shí)出現(xiàn)libicui18.so.58找不到這個(gè)文件，解決方法：
-
conda uninstall igraph#先卸載之前安裝的igraph - conda_forge官網(wǎng)上下載linux對(duì)應(yīng)的icu-58包，然后
conda install --use-local icu-58.2-hf484d3e_1000.tar.bz2(此時(shí)會(huì)安裝icu-58版本) -
source activate py36
conda install python-igraph==0.7.1.post7(此時(shí)已添加conda-forge源，否則搜索不到這個(gè)版本的包)（該步驟會(huì)直接下載icu-68）
此時(shí)import igraph，仍會(huì)報(bào)錯(cuò)無(wú)XXX.so.58文件，需要下面步驟予以處理 - 將/home/kgzaker/miniconda3/pkgs/icu-58.2-hf484d3e_1000/lib下的 libicudata.so.58.2, libicui18n.so.58.2, libicuuc.so.58.2文件復(fù)制到/home/kgzaker/miniconda3/envs/py36/lib內(nèi)，再建立軟鏈接
cd /home/kgzaker/miniconda3/envs/py36/lib
ln libicudata.so.58.2 libicudata.so.58
ln libicui18n.so.58.2 libicui18n.so.58
ln libicuuc.so.58.2 libicuuc.so.58
備注：在/home/kgzaker/miniconda3/pkgs/icu-58.2-hf484d3e_1000/lib文件夾內(nèi)，ls -al 可以看到該文件夾內(nèi)的libiXXX.so.58文件全部是本文件夾內(nèi)libiXXX.so.58.2文件的軟鏈接
- 此時(shí)就可以import igraph了
最后 NetBID2 需要的是 out.final 文件夾下的 consensus_network_ncol_.txt 文件，將其放入指定的文件夾內(nèi)即可
