蛋白結(jié)構(gòu)分析在線軟件集錦
序列相關(guān)
- 密碼子表達(dá)優(yōu)化：Jcat
- 核酸翻譯為蛋白：Translate
- 序列比對和搜索：NCBI Blast，Uniprot Blast，HMMER，HHblits
- 序列比對的作圖：ESPript， Jalview
- 蛋白質(zhì)家族搜索：Tigr，pfam
- 引物設(shè)計的質(zhì)量：MFEprimer
蛋白特性預(yù)測
- 突變影響功能預(yù)測：MutPred
- 突變熱穩(wěn)定性預(yù)測：AutoMute， PPSC， MUpro， cupsat， Eris， sdm， DFIRE， POPMUSIC， IMUTANT， MUTDB，
- 蛋白質(zhì)pKa值預(yù)測：H++， Propka， Depth
- 蛋白質(zhì)自聚集分析：AGGRESCAN
- 糖基化位點的預(yù)測：NetNGlyc
- 信號肽位點的預(yù)測：SignalP
- 核定位序列的預(yù)測：NucPred，cNLS Mapper
蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)相關(guān)
- 相似結(jié)構(gòu)搜索：PDBeFold
- 二級結(jié)構(gòu)預(yù)測：CFSSP， GOR4， PORTER， PsiPred
- 三級結(jié)構(gòu)預(yù)測：I-TASSER，SwissModel
- 突變結(jié)構(gòu)預(yù)測：RosettaBackrub
- 短肽結(jié)構(gòu)預(yù)測：PEP-FOLD
- 螺旋結(jié)構(gòu)作圖：Wheel，Helical_Wheel
- 跨膜β 桶預(yù)測：BetAware
- 跨膜螺旋預(yù)測：TMpred，Phobius，TMHMM
- 振動模式分析：Bio3D，CABSflex2
- 無折疊區(qū)預(yù)測：DisEMBL，GlobPlot
- 結(jié)構(gòu)域的分割：DomainParser
- 常用工具軟件：PDBtools，PDBePISA
- ROSETTA軟件：ROSIE (Rosetta Online Server that Includes Everyone)
免疫相關(guān)
- 可變區(qū)的識別：AbRSA， Abnum
- 三維結(jié)構(gòu)預(yù)測：PIGS， ABodyBuilder
- 抗體接觸位點：proABC
- 抗體序列搜索：IMGT/V-QUEST， IgBlast
- 抗體序列數(shù)據(jù)：VBASE2， abYsis
- 抗原表位預(yù)測：SEPPA3
- MHC多肽預(yù)測：NetMHCpan， NetMHC
相互作用相關(guān)
- 相互作用熱點預(yù)測：KFC2， HotPOINT
- 蛋白蛋白分子對接：ZDOCK，QASDOM，PatchDock
- 蛋白配體分子對接：CB-Dock，SwissDock，MTiOpenScreen
- 蛋白配體結(jié)合模式：PLIP, LigPlus
- 蛋白質(zhì)口袋區(qū)預(yù)測：Depth， ConCavity, CavityPlus
藥物設(shè)計相關(guān)
- 藥物聚集特性預(yù)測：ChemAGG
- 藥物藥代特性預(yù)測：SwissADME
- 藥物靶點蛋白預(yù)測：SwissTargetPrediction，HitPickV2, TargetNet
數(shù)據(jù)庫
- 核酸序列數(shù)據(jù)庫：GenBank
- 蛋白序列數(shù)據(jù)庫：UniProt, Swiss-Prot
- 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)：RCSB PDB
- 蛋白結(jié)構(gòu)增強(qiáng)集：PDBFINDER
- 常用小分子庫集：Click2Drug
- 抑制劑分子購買：Selleckchem
- 突變蛋白數(shù)據(jù)庫：DRSP
- 無折疊蛋白質(zhì)庫：DisProt
- 腫瘤突變信息庫：cBioPortal for Cancer Genomics
- 藥物分子信息數(shù)據(jù)：PubChem，DrugBank ChEMBL
轉(zhuǎn)自：BioSoft http://www.labshare.cn/biosoft/index.html
