為了保住女孩子的清白，全村人合伙撒謊。青年照相師寶貴來到了瑤族的火賣村，清純唯美的少女美秀闖進了他的鏡頭，他當時就被深深吸引了，當他為一位老人照相時，才知道老人就是美秀的爺爺。

村長陪寶貴吃過晚飯后，把他安排在美秀家過夜，晚上，他透過墻壁上的破洞看到美秀在哭泣，強烈的好奇心讓他站在原地發(fā)呆，這時候，美秀忽然打開了房門，亮晶晶的眼神里有深情又有邀請，在酒精的作用下，寶貴走進屋里，一把抱住美秀。

寶貴臨走時，美秀答應他給自己拍了幾張照片，笑靨如花的模樣讓人心動。寶貴回到縣城后，拿著美秀的照片讓好友蘇放看，問他漂不漂亮，蘇放不以為然地說:“沒什么特別的，我已經(jīng)考上了北京師范大學，以后不用在再做電影放映員了?！甭犃颂K放的話，寶貴有些帳然若失，他覺得自己也應該再考一次。

當寶貴再來到火賣村時，被一群小伙子推到了美秀家，原來美秀發(fā)現(xiàn)自己懷孕了，覺得無臉見人，就要上吊自殺。村長問寶貴怎么回事，寶貴嚇得跪下說:“那晚是我喝多了酒?！庇捎诿佬闶羌依锏莫毶兄Z村長按照村里的習俗倒插門到美秀家。

洞房之夜，借著一點酒勁，寶貴逼問美秀:“孩子到底是不是我的？”美秀哭著不回答，寶貴心里明白，那不是美秀的第一夜，現(xiàn)在孩子的父親成了疑惑，他感到窩火難受。

寶貴又參加一次高考后，如愿以償?shù)啬玫搅吮本┐髮W的入學通知書，村里人都為他慶賀，美秀更是落下了激動的眼淚，臨去學校時，美秀依偎在寶貴的懷里，心里是滿滿的不舍。

寶貴走后，美秀每天翻著日歷數(shù)著過日子，豐富多彩的校園生活，讓寶貴每天忙碌而又充實，他好像忘了自己還是一個山里的上門女婿，漂亮又活潑的女同學吳歡對寶貴很有好感，寶貴享受著女孩子的熱情，故意隱瞞了他在鄉(xiāng)下已結婚的事情。

就在寶貴入學后的第二個月，寶貴忽然接到家里的電報，說美秀早產(chǎn)病危，讓他立即回家。寶貴到家后，昏迷三天的美秀才醒過來，她剛說出“其實孩子”這幾個字，村長就攔住了她。美秀死了，村里人都說她是被牛撞到引起的大出血導致早產(chǎn)。

為了照顧美秀留下的一對雙胞胎兒女，寶貴辦理了休學手續(xù)，因為村里沒有老師，村長讓他先在學校教學，休學時間到了后，村長讓他回北京讀書，兩個孩子由村民們幫著照顧。

寶貴上了車后，村長追著車子把全村人湊的車費隔著窗戶扔給他，錢雖然不多，卻讓寶貴感動落淚，也讓他決定放棄北京大學，回到村里繼續(xù)教孩子們讀書。吳歡來看寶貴，當發(fā)現(xiàn)他的屋子里貼滿了美秀和孩子們的照片時，她把自己與寶貴的合影留下，寶貴看到照片后，一路追喊著吳歡的名字，他知道自己錯過了愛情，更錯過曾經(jīng)的夢想。

從村里孩子的口中，寶貴知道了，美秀是死于難產(chǎn)，所謂的被牛撞到和早產(chǎn)都是騙人的，美秀的表妹告訴寶貴，原來，美秀在遇到他之前，就懷了身孕。整整六年的欺騙，讓寶貴陷入了痛苦之中，他坐在地上崩潰大哭。

寶貴找到村長后才了解了事情的真相:孩子的父親正是寶貴的好友蘇放，在村里放電影時和美秀好在一起，蘇放考上大學后，再也沒有回來，更沒有一封書信，村長剛開始是不希望孩子沒有爸爸，后來，看孩子們喜歡他，就想把他留在村里，才阻止了美秀不讓她說出實情。寶貴打斷村長說:“孩子是我的，以前怎么說以后還怎么說，我不希望孩子身上有任何的污點?！?/p>

日復一日，年復一年，村里又來了其他的老師，寶貴的身體卻越來越差，看著孩子們陸續(xù)走出大山，看著他們從遠方寄來的照片，村長百感交集，非常欣慰。

這是電影《寶貴的秘密》中的主要內(nèi)容，故事發(fā)生在70年代，一個全村人的謊言，讓一個心懷夢想的年輕人付出了一生，他有過被騙的痛苦，是山里孩子們渴望知識的雙眼，最終讓他選擇了留下。怎樣才算是生命的價值，是犧牲自己？還是成全別人？寶貴是一個敢于擔當?shù)难阅腥?，為了美秀的孩子，他獨守一生，為了山村的孩子能夠走出大山改變命運，他放棄了美好的前程，取與舍之間，讓寶貴的人格熠熠生輝。