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R語(yǔ)言Seurat包 RunUMAP函數(shù)使用說(shuō)明
功能\作用概述:
運(yùn)行統(tǒng)一流形近似和投影（UMAP）降維技術(shù)。要運(yùn)行，必須首先安裝umap learn pythonpackage（例如，通過(guò)pip install umap learn）。
語(yǔ)法\用法：
RunUMAP(object, ...)
Default S3 method:
RunUMAP(
object,
reduction.key = "UMAP_",
assay = NULL,
reduction.model = NULL,
return.model = FALSE,
umap.method = "uwot",
n.neighbors = 30L,
n.components = 2L,
metric = "cosine",
n.epochs = NULL,
learning.rate = 1,
min.dist = 0.3,
spread = 1,
set.op.mix.ratio = 1,
local.connectivity = 1L,
repulsion.strength = 1,
negative.sample.rate = 5,
a = NULL,
b = NULL,
uwot.sgd = FALSE,
seed.use = 42,
metric.kwds = NULL,
angular.rp.forest = FALSE,
verbose = TRUE,
...
)
S3 method for class 'Graph'
RunUMAP(
object,
assay = NULL,
umap.method = "umap-learn",
n.components = 2L,
metric = "correlation",
n.epochs = 0L,
learning.rate = 1,
min.dist = 0.3,
spread = 1,
repulsion.strength = 1,
negative.sample.rate = 5L,
a = NULL,
b = NULL,
uwot.sgd = FALSE,
seed.use = 42L,
metric.kwds = NULL,
verbose = TRUE,
reduction.key = "UMAP_",
...
)
S3 method for class 'Seurat'
RunUMAP(
object,
dims = NULL,
reduction = "pca",
features = NULL,
graph = NULL,
assay = DefaultAssay(object = object),
nn.name = NULL,
slot = "data",
umap.method = "uwot",
reduction.model = NULL,
return.model = FALSE,
n.neighbors = 30L,
n.components = 2L,
metric = "cosine",
n.epochs = NULL,
learning.rate = 1,
min.dist = 0.3,
spread = 1,
set.op.mix.ratio = 1,
local.connectivity = 1L,
repulsion.strength = 1,
negative.sample.rate = 5L,
a = NULL,
b = NULL,
uwot.sgd = FALSE,
seed.use = 42L,
metric.kwds = NULL,
angular.rp.forest = FALSE,
verbose = TRUE,
reduction.name = "umap",
reduction.key = "UMAP_",
...
)
參數(shù)說(shuō)明：
object : 一個(gè)物體
... : 傳遞給其他方法和UMAP的參數(shù)
reduction.key : 維度縮減鍵，指定維度名稱(chēng)的數(shù)字之前的字符串。默認(rèn)情況下為UMAP
assay : 使用功能時(shí)提取數(shù)據(jù)的分析，或用于在圖形上運(yùn)行UMAP構(gòu)建圖形的分析
reduction.model : 包含umap模型的DimReduc對(duì)象
return.model : UMAP是否返回uwot模型
umap.method : 要運(yùn)行的UMAP實(shí)現(xiàn)。可以貝烏：運(yùn)行umap通過(guò)uwot R packageuwot-學(xué)習(xí)：運(yùn)行umap通過(guò)uwot R包并返回學(xué)習(xí)的umap modelumap-學(xué)習(xí)：運(yùn)行python umap學(xué)習(xí)包的Seurat包裝器
n.neighbors : 這決定了在流形結(jié)構(gòu)的局部近似中使用的相鄰點(diǎn)的數(shù)量。較大的值將導(dǎo)致在丟失詳細(xì)的局部結(jié)構(gòu)的情況下保留更多的全局結(jié)構(gòu)。一般來(lái)說(shuō)，此參數(shù)通常應(yīng)在5到50之間。
n.components : 要嵌入的空間的尺寸。
metric : 度量：這決定了用于度量輸入空間中的距離的度量的選擇。已經(jīng)對(duì)各種各樣的度量進(jìn)行了編碼，并且只要numba對(duì)用戶定義的函數(shù)進(jìn)行了JITd，就可以傳遞它。
n.epochs : 用于優(yōu)化低維嵌入的訓(xùn)練次數(shù)。值越大，嵌入越精確。如果指定NULL，則將根據(jù)輸入數(shù)據(jù)集的大小選擇一個(gè)值（大數(shù)據(jù)集為200，小數(shù)據(jù)集為500）。
learning.rate : 嵌入優(yōu)化的初始學(xué)習(xí)率。
min.dist : 這將控制允許嵌入壓縮點(diǎn)的程度一起。大一點(diǎn)值確保嵌入點(diǎn)分布更均勻，而較小的值允許算法更精確地優(yōu)化局部結(jié)構(gòu)。敏感值在0.001到0.5之間。
spread : 嵌入點(diǎn)的有效比例。結(jié)合最小距離這將確定嵌入點(diǎn)的聚集/聚集方式。
set.op.mix.ratio : 在（fuzzy）并集和交集之間插值作為集合運(yùn)算，用于組合局部fuzzy單形集以獲得全局fuzzy單形集。兩個(gè)fuzzyset操作都使用乘積t-范數(shù)。此參數(shù)的值應(yīng)介于0.0和1.0之間；值1.0將使用純模糊并集，而0.0將使用純模糊交集。
local.connectivity : 所需的本地連接性-即應(yīng)假定在本地級(jí)別連接的最近鄰居的數(shù)量。此值越高，則歧管的局部連接就越多。實(shí)際上，這不應(yīng)超過(guò)歧管的局部?jī)?nèi)部尺寸。
repulsion.strength : 低維嵌入優(yōu)化中負(fù)樣本的加權(quán)。大于1的值將導(dǎo)致負(fù)數(shù)的權(quán)重更大。
negative.sample.rate : 優(yōu)化過(guò)程中每個(gè)陽(yáng)性樣本要選擇的陰性樣本數(shù)。增加該值將導(dǎo)致應(yīng)用更大的斥力、更大的優(yōu)化成本，但精度略高。
a : 更具體的參數(shù)控制嵌入。如果為空，則根據(jù)最小距離和排列自動(dòng)設(shè)置這些值。右伴隨函子可微逼近的參數(shù)。
b : 更具體的參數(shù)控制嵌入。如果為空，則根據(jù)最小距離和排列自動(dòng)設(shè)置這些值。右伴隨函子可微逼近的參數(shù)。
uwot.sgd : 設(shè)置uwot：：umap（ca/pls/public/gscw031+9999995owa_no_site=314+99999owa_no_fiche=3+99999owa_bottin==TRUE）；有關(guān)詳細(xì)信息，請(qǐng)參見(jiàn)umap
seed.use : 設(shè)置隨機(jī)種子。默認(rèn)情況下，將種子設(shè)置為42。SettingNULL不會(huì)設(shè)置種子
metric.kwds : 傳遞到度量的參數(shù)字典，例如p值forMinkowski距離。如果為NULL，則不傳遞任何參數(shù)。
angular.rp.forest : 是否使用角度隨機(jī)投影林來(lái)初始化近似最近鄰搜索。這可能會(huì)更快，但對(duì)于使用角度樣式距離（如余弦、相關(guān)性等）的度量，它最有用。在這些度量的情況下，將自動(dòng)選擇角度林。
verbose : 控制冗長(zhǎng)
dims : 哪些維度用作輸入特征，僅用于iFeatures為空
reduction : 要用于umap輸入的降維（PCA或ICA）。默認(rèn)值為PCA
features : 如果已設(shè)置，則在該特征子集上運(yùn)行UMAP（而不是在縮減的維度集上運(yùn)行）。默認(rèn)情況下不設(shè)置（NULL）；dims必須為NULL才能運(yùn)行特征
graph : 要在其上運(yùn)行UMAP的圖形的名稱(chēng)
nn.name : 運(yùn)行UMAP的knn輸出的名稱(chēng)
slot : 使用功能時(shí)用于提取數(shù)據(jù)的插槽。默認(rèn)情況下，數(shù)據(jù)槽為。
reduction.name : 在Seurat對(duì)象中存儲(chǔ)維度縮減的名稱(chēng)
示例\實(shí)例：
Not run:
pbmc_small
Run UMAP map on first 5 PCs
pbmc_small < - RunUMAP(object = pbmc_small, dims = 1:5)
Plot results
DimPlot(object = pbmc_small, reduction = 'umap')
