我用的R版本為4.3.2
直接install.packages("pRRophetic")
顯示未找到
BiocManager::install("pRRophetic")
顯示package ‘pRRophetic’ is not available for Bioconductor version '3.18'
最后下載壓縮包在https://osf.io/5xvsg/wiki/home/中下載
直接裝出現(xiàn)
ERROR: dependency 'ridge' is not available for package 'pRRophetic'

• removing 'D:/software/packages/R-2023.11-7/R-4.3.2/library/pRRophetic'
  Warning in install.packages :
  安裝程序包‘E:/##shengxin/#lianshou/PRRophetic/pRRophetic_0.5.tar.gz’時退出狀態(tài)的值不是0的問題
  后來查詢發(fā)現(xiàn)沒有安裝必要的依附包
  先BiocManager::install(c('sva', 'car', 'genefilter', 'preprocessCore', 'ridge'))
  后面在直接install.packages("./pRRophetic_0.5.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
  問題解決了，成功下載。

隨后在使用的過程中出現(xiàn)了 Error in if (class(testExprData) != "matrix") stop("ERROR: "testExprData" must be a matrix.") : the condition has length > 1
根據(jù)搜尋發(fā)現(xiàn)在較新的R版本（=4.3.0）下class(matrix)會返回"matrix"和"array"兩個屬性，而在老版本的R（=3.6.1）只會返回"matrix"

通過查找如何改正后
trace(calcPhenotype, edit = T)
在calcPhenotype函數(shù)的第6，8，10，12和66行class(X)后面加個[1]
trace(summarizeGenesByMean, edit = T)
也是在相應的class（x）后面加上[1]