今天的學(xué)習(xí)內(nèi)容是：linux如何安裝軟件？
1 簡單了解conda--“l(fā)inux的應(yīng)用商店”
2 給你的服務(wù)器下載conda-我們用它的精華版--miniconda就可以。
3 安裝和配置miniconda
4（重點(diǎn)），使用miniconda，也就是查看已安裝的軟件、搜索、安裝、卸載（生信需要的）軟件，我們以fastqc為例，這里僅是入門操作。
5不同的生信實(shí)戰(zhàn)項(xiàng)目，需要定制conda的分身。
完成過程：
1.輸入yum install -y bzip2 命令安裝壓縮軟件（一般服務(wù)器都有，但是免費(fèi)的阿里云沒有）
2.安裝Miniconda 負(fù)責(zé)生信領(lǐng)域軟件包管理器：
2.1進(jìn)入工作目錄，如cd biosoft
2.2用wget命令+下載鏈接進(jìn)行下載。百度/谷歌搜索“miniconda”（是英文網(wǎng)站）=》你會看到linux下面有64-bit、32-bit兩種版本=〉接下來，查看自己服務(wù)器是多少位的=》安裝python3.6對應(yīng)的版本=〉右鍵-復(fù)制下載鏈接
如wget
https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（運(yùn)行后相當(dāng)于安裝包已經(jīng)在電腦上了）
2.3 用bash運(yùn)行這個安裝用的腳本（安裝包），如：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（這就是腳本最后一個/后的部分）
安裝成功如圖所示：
2.4激活軟件（相當(dāng)于輸入序列號） 如source ~/.bashrc*
2.5參考演示視頻 鏈接：···https://share.weiyun.com/5J82l9g 密碼：iwcd4k···
2.6添加國內(nèi)鏡像：目的是：加快軟件下載速度（以下每行運(yùn)行）
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
(至此，相當(dāng)于擁有一個軟件管家）
3 使用conda：
3.1 查看當(dāng)前所有軟件列表 conda list
3.2 搜索軟件 conda search fastqc 【這里以數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件fastqc為例】
3.3 安裝軟件*** conda install fastqc -y** （加上-y是自動安裝，也可不加）
如果要指定版本號，可以conda install fastqc=0.11.7 -y
3.4 卸載軟件 conda remove fastqc -y
4 conda 環(huán)境：
每一個項(xiàng)目都需要不同的軟件，軟件結(jié)合可也能需要不同版本，比如A項(xiàng)目你需要用a軟件V 1.0版本，但是處理B項(xiàng)目又需要用到a軟件的V 1.5版本，辦法就是分身！！安裝不同的軟件，互不干擾。這個分身就是不同的“conda environment”
4.1 先查看當(dāng)前conda有哪些環(huán)境 conda info --envs
4.2 建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
（再次查看環(huán)境，多了一個rna-seq。但是發(fā)現(xiàn)，默認(rèn)還是base）
4.3激活新的conda環(huán)境 source activate rna-seq
輸入fastqc出現(xiàn)下面的一大片信息就說明可以使用了。說明軟件安裝成功。
4.4卸載一個環(huán)境中的軟件
卸載某個軟件：** conda remove -n rna-seq fastqc -y**
全部卸載，也就是卸載這個環(huán)境conda remove -n rna-seq --all
最后卸載環(huán)境的時候，需要先退出當(dāng)前環(huán)境，因?yàn)樽约嚎隙ú荒馨炎约簞h除吧，使用source deactivate（重啟putty）
