數(shù)據(jù)用的是KEGG的L2級的分類相對豐度

長這個樣子，柱狀圖的x軸，第一列是命名，第二列是分類，第三列是相對豐度

安裝包就不解釋了，直接讀取，安裝包的過程可以看其他的，這幾個都是常規(guī)可以安裝的，不可以的話可以直接百度參考其他的安裝過程

#讀包

library(ggplot2)

library(reshape2)

library(carData)

library(car)

#讀取數(shù)據(jù)

a1 <-read.table("D:/Rrice/KEGG/Bacteria/L2 abundance.txt",header=T,sep = '\t')

#查看數(shù)據(jù)

head ( a1 )

#繪圖

p1<-ggplot(a1,aes(x=reorder(CategoryL2,abundance),y=abundance,fill=CategoryL1))+#確定x，y軸，x=reorder是用來讓柱狀圖按從小到大排列的，如果是多分組的會按照分組的和進行排序

? geom_col( width = 0.7,position = 'dodge') +#設置柱狀圖寬度

? scale_fill_manual(values =c ('#AE3321','#22AB33','#445299','#A233A3','#22B3A2','#A3B1C2'))+#添加分類顏色

? labs(title = NULL,x=NULL, y = "Number of Edge",fill = NULL)+#顯示標簽（xy軸和圖例）

? theme_bw()+#去掉背景色

? theme(legend.position = 'n')+#不顯示圖例

? theme(panel.grid.major=element_blank(),panel.grid.minor=element_blank())+

? coord_flip()+#x，y軸轉置

theme(strip.text.y = element_text(angle = 0))+

? facet_grid(CategoryL1 ~.,scales='free', space = 'free', margins ='am', drop = T)#分類別，按照我的數(shù)據(jù)的第二列進行分類

p1

#導出PDF圖片，默認圖片大小，可以利用width=？和height=？來設置圖片的寬和高

ggsave('D:/Rrice/KEGG/Bacteria/L2 abundance.pdf')

這個code中還可以加讓后面的分列自動換行的指令，我能力有限，大家加油！

上成品