發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：黑龍江
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bedtools intersect用法 (intersectBed)bedtools intersect可以對(duì)兩個(gè)基因組特征 (genomic features) 進(jìn)行overlap，找到兩者重合的區(qū)域。比如求兩個(gè)peaks的交集，或者看很多...
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郵箱：3701130207@csu.edu.cn；GitHub：<a href="https://github.com/Biosciman" rel="nofollow" target="_blank">https://github.com/Biosciman</a>；歡迎交流！
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R語(yǔ)言機(jī)器學(xué)習(xí)-caret介紹 caret包（Classification and Regression Training）是一系列函數(shù)的集合，它試圖對(duì)創(chuàng)建預(yù)測(cè)模型的過(guò)程進(jìn)行流程化。本系列將就數(shù)據(jù)預(yù)處...
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ChIP-seq數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)訓(xùn)練（三）ChIP-seq數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)訓(xùn)練（三） 六、合并bam文件 在進(jìn)行peaks calling的時(shí)候，需要把bam進(jìn)行合并。 得到全新的bam文件如下： 假如需要去除PCR重...
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生信學(xué)習(xí)第一篇-Fastqc分析簡(jiǎn)略版二代測(cè)序數(shù)據(jù)評(píng)估軟件： FastQC 測(cè)序質(zhì)量分析： 包含多項(xiàng)內(nèi)容，如測(cè)序reads堿基質(zhì)量、GC含量、reads長(zhǎng)度、k-mer分布 Basic Statics中統(tǒng)計(jì)了測(cè)序...
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生信文件格式一文就夠fasta格式是最基本的表示序列信息的格式。是一種文本格式，一般以后綴.fa或者.fasta 主要由兩部分組成： 第一部分 以>符號(hào)開(kāi)頭，定義行=序列的名稱或者標(biāo)識(shí)（gi|1...
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ChIP-seq數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)訓(xùn)練（一）ChIP-seq數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)訓(xùn)練（一） 一、安裝軟件（conda） 二、下載數(shù)據(jù) 參考文獻(xiàn) Brookes, E. et al. Polycomb associates ge...
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ChIP-seq數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)訓(xùn)練（二）
ChIP-seq數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)訓(xùn)練（二） 四、過(guò)濾 raw data -> fastqc 使用trim_galore軟件進(jìn)行質(zhì)控，過(guò)濾 過(guò)濾后的文件如下： clean data...
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CellRanger使用學(xué)習(xí)
本文參考多篇簡(jiǎn)書(shū)教程（請(qǐng)查看本文最后的參考資料） 安裝 可查看10xgenomics官網(wǎng)安裝教程 下載參考基因組數(shù)據(jù) 可直接下載10xgenomics官網(wǎng)提供的已構(gòu)建好的索引...
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R包DropletUtils使用bioconductor-DropletUtils使用教程：Utilities for handling droplet-based single-cell RNA-seq ...
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生信小白成長(zhǎng)記
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