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R語言可視化13: (sc)RNAseq 數(shù)據(jù)可視化 - ClusterGVisClusterGVis包是中國藥科大學(xué)Jun Zhang博士開發(fā)的系列可視化工具包之一，前期該包主要設(shè)計用于Bluk-seq表達(dá)矩陣的處理，可同...
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R語言可視化12: (sc)RNAseq 數(shù)據(jù)可視化 - scRNAtoolVisscRNAtoolVis適用于各種單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)分析場景，包括但不限于：單細(xì)胞Marker基因表達(dá)熱圖：通過熱圖展示不同細(xì)胞亞群中Ma...
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孟德爾隨機(jī)化分析2: SMRSMR（Summary data-based Mendelian Randomization）是一個針對匯總數(shù)據(jù)的孟德爾隨機(jī)化方法，可以基于GW...
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生信工具2: LiftOver人類參考基因組（如 GRCh37 和 GRCh38）由國際基因組學(xué)研究社區(qū)定期更新，以改進(jìn)基因組的完整性和準(zhǔn)確性。每次更新可能會導(dǎo)致以下變化：?...
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孟德爾隨機(jī)化分析1: 連鎖不平衡（Linkage Disequilibrium, LD）1. 什么是連鎖不平衡（LD）？ 連鎖不平衡（Linkage Disequilibrium，LD）是指在基因組中，兩個或多個SNP（單核苷酸多態(tài)...
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R語言小記3：ENSG和基因symbol間的名稱轉(zhuǎn)換0. 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備（加載自己需要轉(zhuǎn)換的數(shù)據(jù)） 1. 使用其他R包"AnnotationDbi"和"org.Hs.eg.db" ? 發(fā)現(xiàn)存在一個ENS...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析筆記6: 轉(zhuǎn)錄因子分析（SCENIC）轉(zhuǎn)錄因子(transcription factors, TFs)是指能夠識別、結(jié)合在某基因上游特異核苷酸序列上的蛋白質(zhì)。其通過介導(dǎo)RNA聚合酶與...
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單細(xì)胞小記2：將h5ad格式轉(zhuǎn)化為seurat格式h5ad 是用于存儲單細(xì)胞 RNA 測序（scRNA-seq）數(shù)據(jù)的文件格式，常用于 Python 中的 Scanpy 軟件包。它基于 HDF5...
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單細(xì)胞小記1：將多個樣本的表達(dá)矩陣，合并成seurat格式1. 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 2. 數(shù)據(jù)整合