一顧傾人城， 再顧傾人國
發(fā)簡信
IP屬地：上海
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試試BWA-MEM2 新的算法比對 速度提升很大很大
WGS分析筆記（2）—— bwa vs bowtie2
更新于2020.10.29 在進行正式的mapping記錄之前，先記錄一下bwa與bowtie2在mapping這個環(huán)節(jié)的情況。 一般對于WGS結(jié)果的mapping，一般推薦...
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西北農(nóng)林科技大學食品研究生
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我是外科醫(yī)生，所以很粗暴的喲！～～<br>歡迎大家關(guān)注微博“醫(yī)學小蛋散”哦～<br>讓學醫(yī)快樂～ <br>記錄行醫(yī)之旅～
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北京基因組所研究生在讀，實驗&生信小蝸牛一只。歡迎一起討論呀~ <br>liulinli17m@big.ac.cn
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最近不常登陸簡書，若評論問題沒有及時回復，可以發(fā)郵件交流 bioinfortime@163.com
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Sanger 測序，NGS 測序，數(shù)據(jù)分析
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華中科技大學同濟醫(yī)學院<br>在讀博士
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珠江醫(yī)院腫瘤科簡書號，同時也歡迎大家關(guān)注我們的微信號！
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博士在讀，我會加油
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TCGA 拷貝數(shù)變異（CNV）分析背景 查看某些基因在特定癌癥里是不是發(fā)生了拷貝數(shù)變異。 最簡單的方法 直接去一些分析網(wǎng)站上查看，當然也有一些弊端，例如數(shù)據(jù)更新滯后，沒有給出明確的分析方法和判斷標準等，心中不...
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MutSigCV進行突變負荷分析尋找Driver Gene
本文的安裝方法是有Matlab授權(quán)，運行MutSig源代碼的方法。 如果沒有Matlab授權(quán)，可以 http://www.mathworks.com/products/com...
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Bioinfo修煉中~<br>公眾號 “生信OOP” ，歡迎關(guān)注！
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沒有課題經(jīng)費的話，自己出錢的，預算5000的話，組裝一個電腦，推薦AMD R5 3600處理器(6核12線程），32G內(nèi)存起步（hisat2雖然對內(nèi)存要求不高，大概一個進程需要4g內(nèi)存，但是其他比對軟件比如STAR軟件至少需要32G內(nèi)存，才能很好運行）。預算更高的可以換AMD R7 3700（8核16線程） 或者i7 9700（8核8線程）處理器等等。
RNA-seq(5):序列比對：Hisat2
比對軟件很多，首先大家去收集一下，因為我們是帶大家入門，請統(tǒng)一用hisat2(官網(wǎng)https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
