因為barcode名字可能有重復(fù)，建議在創(chuàng)建對象后用RenameCells函數(shù)（里面有個add.cell.id ）把細胞ID改一下。
2021-05-26 單細胞分析之harmony與Seurat參考：生信會客廳 harmony原理 Harmony需要輸入低維空間的坐標(biāo)值（embedding），一般使用PCA的降維結(jié)果。Harmony導(dǎo)入PCA的降維數(shù)據(jù)后，會采用so...
@Bio_Infor 謝謝您的回復(fù)。我想問一下整合以后的數(shù)據(jù)和未整合的數(shù)據(jù)分別用哪個呢？
單細胞數(shù)據(jù)整合分析——批次效應(yīng)（batch effect）去除在單細胞分析當(dāng)中，經(jīng)常會遇到整合分析的問題，即去除多樣本數(shù)據(jù)之間的批次效應(yīng)（batch effect），那么什么是批次效應(yīng)呢？簡而言之，批次效應(yīng)就是由于不同時間、不同實驗人員...
請問下游做差異分析的時候比如findmarkers使用的是scRNA@assays$RNA@counts數(shù)據(jù)還是scRNA@assays$RNA@data中的數(shù)據(jù)呢？
單細胞數(shù)據(jù)整合分析——批次效應(yīng)（batch effect）去除在單細胞分析當(dāng)中，經(jīng)常會遇到整合分析的問題，即去除多樣本數(shù)據(jù)之間的批次效應(yīng)（batch effect），那么什么是批次效應(yīng)呢？簡而言之，批次效應(yīng)就是由于不同時間、不同實驗人員...
請問差異分析使用的是scRNA@assays$RNA@counts數(shù)據(jù)還是scRNA@assays$RNA@data中的數(shù)據(jù)呢？
單細胞數(shù)據(jù)整合-1：Harmony原理介紹和官網(wǎng)教程1. 原理介紹 官網(wǎng)：https://github.com/immunogenomics/harmony[https://github.com/immunogenomics/...
