本文參考 生信札記[http://www.itdecent.cn/u/068665394ccf] 相關(guān)內(nèi)容制作 準(zhǔn)備數(shù)據(jù)： 1.物種內(nèi)的共線性分析 2.已經(jīng)鑒定好的基因家族...
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物種內(nèi)共線性圈圖繪制 -
進(jìn)化樹上的N種數(shù)值序言 大晚上的不知道干些啥好，想起了之前積累的一個(gè)小小的問題。這里搜一下資料，快速的整理出一小篇文章好了~ 內(nèi)容大概就是 N種phylogenetic tree上不同的數(shù)字 ...
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植物啟動(dòng)子-順式作用元件-批量提取-預(yù)測(cè)-可視化分析寫在前面 以前總看到問題是，基因結(jié)構(gòu)可視化的問題；現(xiàn)在則變成了啟動(dòng)子元件的預(yù)測(cè)或者說可視化。這本身比較簡(jiǎn)單，也比較玄乎，所以我一直不是太樂意與別人討論。但學(xué)院今天斷網(wǎng)，手上的...
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建議學(xué)習(xí)Tbtools軟件，僅供參考
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常用來(lái)判斷分子量MW、等電點(diǎn)pI的在線網(wǎng)站
TBtools基因家族分析詳細(xì)教程(2)基因家族成員的基本分析
包括基因成員的序列特征分析（分子量等電點(diǎn)等）基于motif分析成員序列保守特征與可視化（蛋白與核酸，可用于挖掘未知，尤其是核酸水平-非編碼水平的保守）基于domain分析成員...
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TBtools | 保守 Motifs 到底屬于哪個(gè)結(jié)構(gòu)域寫在前面 TBtools 基本涵蓋了基因家族分析所常見的所有分析與可視化功能，其中最為獨(dú)特的 莫過于 Gene Structure View (Advanced) 幾乎覆蓋了...
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TBtools基因家族分析詳細(xì)教程(2)基因家族成員的基本分析包括基因成員的序列特征分析（分子量等電點(diǎn)等）基于motif分析成員序列保守特征與可視化（蛋白與核酸，可用于挖掘未知，尤其是核酸水平-非編碼水平的保守）基于domain分析成員...
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Batch SMART 最強(qiáng)序列特征[結(jié)構(gòu)域]預(yù)測(cè)軟件寫在前面 前天，在學(xué)位論文的完善中，有兩個(gè)疑似ERF成員始終令我困擾。植物轉(zhuǎn)錄因子中有個(gè)超家族AP2，包括兩個(gè)亞家族，一個(gè)也叫AP2，另一個(gè)叫ERF。前者往往含有兩個(gè)AP2結(jié)...
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TBtools基因家族分析詳細(xì)教程（1）寫在前面：非常感謝CJ開發(fā)出如此強(qiáng)大的TBtools工具，作者詳細(xì)講解了基因家族的分析過程和意義，課程購(gòu)買地址，講的很棒，可以試聽。 一共分為4個(gè)部分TBtools基因家族分...
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基因家族分析3 || 蛋白性質(zhì)和序列分析基因家族流程：基因家族分析（一） 基因家族流程：基因家族分析（二） =====================================================...
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服務(wù)器 | 常見管理命令（待更新）
退出終端 實(shí)用： q：退出clear： 清理屏幕pwd：顯示當(dāng)前位置history：！2 執(zhí)行歷史記錄第二條命令Tab鍵：補(bǔ)齊命令ctrl+c 終止命令ctrl+z 暫停...
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樓主寫的這里：
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#根據(jù)hg19.fa提取CDS序列
gffread gencode.v19.annotation.gff3 -g hg19.fa -y tr_cds.fa
#翻譯后蛋白序列
gffread gencode.v19.annotation.gff3 -g hg19.fa -x cds.fa
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是不是寫反了？我想提CDS文件，用第一個(gè)命令，出來(lái)的tr_cds.fa是蛋白文件，
用gffread -h（help命令）看了下，是這樣寫的：
-x write a fasta file with spliced CDS for each GFF transcript（提CDS？）
-y write a protein fasta file with the translation of CDS for each record（提的CDS文件轉(zhuǎn)成pep？）
所以是不是 “-x” 和“-y” 寫反了？#GTF/GFF格式# gffread入門使用
首先了解一下GTF/GFF的格式https://asia.ensembl.org/info/website/upload/gff.html兩者的關(guān)系如下 GTF (gene ...
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Fastq-dump: 一個(gè)神奇的軟件現(xiàn)在可以用fasterq-dump, 速度更快，請(qǐng)閱讀都8102年了，還用fastq-dump，快換fasterq-dump吧 做生信的基本上都跟NCBI-SRA打過交道,尤...
