GenomicsDBImport 不應(yīng)該劃分過(guò)多的intervals，因?yàn)槊糠治鲆粋€(gè)interval，就會(huì)將所有的GVCF文件打開(kāi)，檢索一遍，在interval過(guò)多的時(shí)候，這個(gè)打開(kāi)GVCF文件的過(guò)程會(huì)占用大部分時(shí)間。這個(gè)問(wèn)題在GATK論壇上也有討論。所以我覺(jué)得應(yīng)該按染色體分intervals，對(duì)于組裝不好，Scaffolds過(guò)多的基因組，最好舍棄一部分Scaffold或?qū)⑿〉腟caffold連在一起作為一個(gè)interval。
GATK4 多個(gè)樣本GenotypeGVCFs前用 CombineGVCFs還是GenomicsDBImport我們知道，GATK 4 多個(gè)樣本joint genotyping用模塊GenotypeGVCFs, 目前GenotypeGVCFs只支持以下三種形式的輸入文件：1）a sin...
