IP屬地：北京
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day56 單細胞cellranger的問題一、在跑cellranger的過程中出了個問題。要琢磨一下怎么回事。 報錯：sequence and quality length mismat...
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day54單細胞 cellranger處理Fastq文件10X文庫送測序后，從測序公司拿到的測序數據是fastq格式的，要經過linux上跑cellranger程序，得到表達矩陣，才能做后面的功能分析...
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day53 三組轉錄組數據分析學習及參考教程：https://mp.weixin.qq.com/s/uLt-bYCdVcBH6mqoIG_r6w[https://mp.wei...
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day52 轉錄組 火山圖
接著day51，繼續(xù)作圖： 說明先設置pvalue和logFC的閾值根據閾值分別為上調基因設置‘up’，下調基因設置‘Down’，無差異設置‘N...
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day51 轉錄組 DESeq2分析總結對day49，day50兩次學習的總結。拿到reads表達矩陣后，在自己電腦上用DESeq2這個R包進行數據分析。 一、先要準備表達矩陣和分組表...
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day50 轉錄組 差異基因可視化接著day49 一、看看整體表達情況 原始矩陣為變量exprSet，是從txt文件讀入得到的數據框歸一化后矩陣為變量exprSet_new，用D...
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day49 轉錄組 差異基因表達分析學習資料：B站視頻：生物技能樹 第八季轉錄組測序數據分析得到表達矩陣之后就要考慮如何知道到差異表達基因（DEG），這個要在R中操作，具體是需要a...
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day48 轉錄組 計數&表達矩陣轉錄組分析要用比對后的bam或sam文件進行后續(xù)計數。也就是對基因/轉錄本的區(qū)域上比對到的reads進行計數。最后算出來某個轉錄本或者外顯子上比...
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day47 轉錄組 比對學習資料：B站視頻：生物技能樹 第八季轉錄組測序數據分析 一、轉錄組比對常用軟件 轉錄組比對常用：hisat2、subjunct（subread...