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CUT&Tag 數(shù)據(jù)分析（4）
如何獲取 TSS bed 文件？1.下載地址：UCSC-refFlat.txt.gz[https://link.zhihu.com/?targe...
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FlashFry crispr文庫(kù)設(shè)計(jì)
1. 環(huán)境安裝java version "1.8.0_161" 2. flashfry indexhg38索引構(gòu)建，大約需要2h 3. 建庫(kù)序列...
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CUT&Tag 數(shù)據(jù)分析（3）8. 輸出COUNT矩陣 前文得到了每個(gè)樣本的peak，需要對(duì)peak的染色體位置、起始和終止位置、還有讀取count進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，方便后續(xù)差異分析...
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CUT&Tag 數(shù)據(jù)分析（2）
5. 文件格式轉(zhuǎn)換 -bedpe 要求按read名排序把成對(duì)的排序到一起，warning可能是因?yàn)闆](méi)排序，并不一定是數(shù)據(jù)本身的問(wèn)題。 6. 樣本...
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CUT&Tag 數(shù)據(jù)分析（1）官網(wǎng)給的參數(shù)其實(shí)大多也是默認(rèn)參數(shù)，建議使用管道符或者for循環(huán)，事半功倍，不然運(yùn)行時(shí)間太長(zhǎng)了。 1.檢測(cè)數(shù)據(jù)完整性 公司拿到的數(shù)據(jù)無(wú)論是clea...