發(fā)簡信
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整理一些常見分析的代碼 小提琴圖/熱圖/umap圖等
這些代碼都是2021年從華大學(xué)習(xí)的 僅供參考 01.vlnplot+p值顯著性 02.Seurat中默認(rèn)的heatmap熱圖 03.seurat...
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數(shù)據(jù)量G與FASTQ文件的行數(shù)之間的關(guān)系
假設(shè)需要截取X G的數(shù)據(jù)，那么需要的FASTQ行數(shù)YRead*150*2*10^9=XReads=(X*109)/3*10(-2)Y=(X*10...
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非模式物種的GO和KEGG富集對不能直接使用clusterprofiler包中的數(shù)據(jù)庫進(jìn)行KEGG和GO富集的物種進(jìn)行分析。 1.從基因組fasta文件中提取CDS序列 基于...
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ATAC-bulk rna的染色質(zhì)可及性分析流程
00.背景 基于常規(guī)轉(zhuǎn)錄組（bulk rna）的數(shù)據(jù)進(jìn)行染色質(zhì)可及性（ATAC）的常規(guī)分析流程。代碼僅供參考。 01.質(zhì)控 和別的組學(xué)一樣，拿到...
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使用read.table讀取數(shù)據(jù)行數(shù)少于read.csv
非常坑的地方， 一堆分析做完了，發(fā)現(xiàn)第一步數(shù)據(jù)的行數(shù)對不上，檢查后發(fā)現(xiàn)使用read.csv能夠得到準(zhǔn)確的行數(shù)，而使用read.table得到的行...
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Error in hclust(d, method = method)：外接函數(shù)調(diào)用時(shí)不能有NA/NaN/Inf(arg10)
記錄一個(gè)小bug：使用pheatmap繪制熱圖時(shí)，使用scale參數(shù)總報(bào)錯(cuò)： 只需要刪除原始數(shù)據(jù)中標(biāo)準(zhǔn)差為0的行即可： 原因是scale對每行進(jìn)...
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空轉(zhuǎn)下游之spatialDE分析背景：使用python包spatialDE分析10x v2空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)。 01.軟件介紹 spatialDE用于非線性和非參數(shù)地計(jì)算依賴于空間位置坐...
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單細(xì)胞VDJ分析背景知識背景：單細(xì)胞VDJ的背景、原理等。 1.為什么做單細(xì)胞VDJ？ 理論上生物體內(nèi)的基因組DNA是完全相同的，除了腫瘤細(xì)胞會發(fā)生頻繁的DNA突變。因...
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單細(xì)胞ATAC分析標(biāo)準(zhǔn)流程（詳細(xì)版）背景：單細(xì)胞ATAC分析流程介紹。 1.為什么做單細(xì)胞ATAC分析？ 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的是單細(xì)胞分辨率上不同細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)錄組（mRNA）差異，由...