發(fā)簡信
IP屬地：安徽
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第六步：mRNA的差異表達deseq2 edg limma 區(qū)分
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復現(xiàn)一篇文章前言 此復現(xiàn)過程全程由kinesin老師指導，過程有點復雜，如發(fā)現(xiàn)問題，請及時簡書聯(lián)系我，我及時更改,主要復現(xiàn)標準化免疫細胞組成的生存分析。 下...
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單細胞的GO KEGG GSEA GSVA分析今天抽個空把單細胞領(lǐng)域的GO KEGG GSEA GSVA都做了一遍，跑完以后的感覺就是有這樣的理解，就是單細胞我首先會選擇做GSVA，但是我還...
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seraut自帶函數(shù)的一點點小技巧我是用seraut自帶函數(shù)作圖的，當然很多人用ggplot做的更好看，再次提醒有人會用ggplot調(diào)好色的代碼，記得簡書發(fā)給我，我就用很蠢的自帶...
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tcga中配對樣本的可視化tcga癌旁數(shù)據(jù)較少，所以有時候看配對數(shù)據(jù)的對比，更能代表基因在癌和癌旁的區(qū)別。
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突變數(shù)據(jù)的處理及柱狀圖的使用突變數(shù)據(jù)其實做的不多，代碼什么的也較少，其實也比較簡單，現(xiàn)在就整理了一下，然后得到了柱形圖的代碼，一并奉上。 下載數(shù)據(jù) 自帶的包 ·#分組處理 ...
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利用SCTransform和RunHarmony做普通的單細胞批次矯正這篇文章從GSE132465下載，http://www.itdecent.cn/p/44d30d3194e4[https://www.jian...
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利用單細胞集合做免疫浸潤分析以前一直用經(jīng)典的MCP法分免疫浸潤 總感覺不好 上篇文章上也寫過 這次用腸癌單細胞6萬多的細胞的特異性基因，特異性基因我是一個一個看的，我選的標...
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用MCP法計算TCGA樣本中的免疫浸潤下載TCGA FPKM數(shù)據(jù) 下載TCGA臨床數(shù)據(jù) XENA官網(wǎng)下載整合好的數(shù)據(jù) 整理表達矩陣 提取mRNA和gene名轉(zhuǎn)換 表達矩陣和臨床數(shù)據(jù)融...