PASA[http://pasa.sourceforge.net/], acronym for Program to Assemble** S**pliced Alignme...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：湖北
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基于PASA進(jìn)行基因預(yù)測(cè)
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基因注釋：基于SNAP+Augustus+GeneMark的maker3 pipeline
我使用的maker版本為3.01.04 第一輪：將已知基因比對(duì)到基因組 包括兩個(gè)部分：??屏蔽重復(fù)序列??將已知的轉(zhuǎn)錄組/蛋白序列與基因組進(jìn)行比對(duì) 1.（可選）構(gòu)建自定義重復(fù)序列...
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用k-mer分析進(jìn)行基因組調(diào)查：（一）基本原理（全文5058字） 【推薦】用Smudgeplot評(píng)估物種倍性后，用組合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍體物種的基因組調(diào)查，用組合KMC+GenomeS...
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Seurat 4.0 || WNN整合scRNA和scATAC數(shù)據(jù)前情回顧 Seurat 4.0 ||單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析工具箱有更新[http://www.itdecent.cn/p/48e4f61e3a84]Seurat 4.0 ||單細(xì)胞...
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RNA-seq(10):KEGG通路可視化:gage和pathview這部分直接從上部分RNA-seq(9):富集分析(功能注釋)[http://www.itdecent.cn/p/5d82acad6008]的數(shù)據(jù)而來，當(dāng)然如果你上部分?jǐn)?shù)據(jù)存...
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miRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預(yù)測(cè)新miRNA，到表達(dá)矩陣【二】該教程分為2部分，第1部分在：miRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預(yù)測(cè)新miRNA，到表達(dá)矩陣【一】 到此時(shí)，原始...
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miRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預(yù)測(cè)新miRNA，到表達(dá)矩陣【一】該教程分為2部分，第2部分在：miRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預(yù)測(cè)新miRNA，到表達(dá)矩陣【二】 因?yàn)橹芭龅?..
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FDR-P值是什么東西！
概念 FDR，Q value，adjust p valuep-value：衡量一次檢驗(yàn)假陽性率的指標(biāo)（False positive rate） ；q value：衡量錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)...
