作者，Evil Genius~~ 空間轉(zhuǎn)錄組的運(yùn)用方向：轉(zhuǎn)錄、蛋白 ST最適合回答三種生物問題：首先可以闡明組織的細(xì)胞類型組成；第二類問題與細(xì)胞相互作用有關(guān)；最后可以幫助闡明...
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空間轉(zhuǎn)錄組的幾個分析要點(diǎn)及經(jīng)典文獻(xiàn)分享 -
MISTy：空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞互作分析方法1. 簡介 MISTy主要有四個功能： 算法：Multi-view framework to dissect effects related to CCI (剖析與細(xì)胞-細(xì)胞...
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ggplot2繪制單細(xì)胞經(jīng)典火山圖單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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文獻(xiàn)學(xué)習(xí)069--[sc+st]單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組分析揭示結(jié)直腸癌中FAP+成纖維細(xì)胞和SPP1+巨噬細(xì)胞的相互作用作者通過整合分析scRNA-seq數(shù)據(jù)、公開發(fā)表的scRNA-seq和bulk RNA-seq數(shù)據(jù)集、空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)、FACS、IF和免疫治療的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，證實(shí)FAP+成纖維...
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空間轉(zhuǎn)錄組合作項(xiàng)目分析示例(二)作者，Evil Genius 這一篇我們繼續(xù)合作項(xiàng)目的分析示例，我們在了解了空間轉(zhuǎn)錄組的整體分析內(nèi)容之后，就需要開始針對我們自己的數(shù)據(jù)進(jìn)行有效分析，注意是有效分析，就是大家分...
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空間轉(zhuǎn)錄組去卷積分析工具介紹——CARD簡介 ??目前，單細(xì)胞技術(shù)發(fā)展迅速，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序可以幫助我們獲得組織中每個細(xì)胞的基因表達(dá)水平，但卻無法獲得對應(yīng)空間位置上的信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)（spatial trans...
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CARD 空間轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之間的反卷積首先附上參考文獻(xiàn)：《Spatially informed cell-type deconvolution for spatial transcriptomics》[https...
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最新12+單細(xì)胞生信，探索DAB2+ Macro與FAP+ CAFs關(guān)系，高端生信值得模仿！影響因子：12.4 研究概述：肝癌是全球第三大致癌死亡的原因，也是第六大常見的腫瘤類型。其中，肝細(xì)胞癌（HCC）為最常見的肝癌類型，其次為肝內(nèi)膽管癌（ICC），這兩種類型合計(jì)...
