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改善mosdepth輸出結(jié)果的python腳本
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用Python和C語言實(shí)現(xiàn)DNA雙序列全局比對（Needleman-Wnnsch算法）雙序列全局比對主要是依據(jù)Needleman-Wnnsch算法來進(jìn)行 整個過程分為三步1.設(shè)置一個矩陣：第一條序列長m,沿x軸排列，第二條序列長n，沿y軸排列2.設(shè)置打分矩陣，...
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單細(xì)胞分析---測序文庫拆分 (Demultiplexing)對于所有數(shù)據(jù)類型，”文庫拆分”涉及從一端或雙端短序列中識別和移除細(xì)胞條形碼序列 (cell barcode)和UMI。如果提前知道加入的細(xì)胞條形碼，比如數(shù)據(jù)來自基于PCR板的...
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BSgenome 構(gòu)建自己的參考基因組1. 目的 ??最近在某個分析的時候，需要BSgenome object，然而我的物種不是常見的物種，是自己組裝出來的多倍體物種，因此沒法用已有的BSgenome參考基因組，...
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一鍵完成單因素方差分析及可視化的R腳本腳本有五個參數(shù) -f:輸出的數(shù)據(jù)，第一列是樣本名，第二列是自變量也就是分組信息，第三列至以后就是因變量，就是分組效應(yīng) -d:因變量的列名 -i:自變量的列名 -t:選擇可視化...
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堆疊柱狀圖各成分連線畫圖的R腳本18年1月29日宏基因組轉(zhuǎn)載了中科院生態(tài)中心鄧曄組的文章《土壤細(xì)菌定量方法結(jié)合相對豐度分析揭示種群的真實(shí)變化》[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz...
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閑聊生物學(xué)重復(fù)
從涉足生命科學(xué)實(shí)驗(yàn)?zāi)且豢蹋蜁牭竭@樣一句話“生物學(xué)實(shí)驗(yàn)至少要三個生物學(xué)重復(fù)，要嚴(yán)格設(shè)立對照實(shí)驗(yàn)”。隨著時間的流逝，記憶變得模糊，依稀記得“三個生物學(xué)重復(fù)”、“對照”。所以在...
