基因組Survey 是對基因組的大小、雜合情況進行評估。我們de novo組裝一個物種的基因組之前，一般要對所測物種基因組大小有一個估計，以便后續(xù)測三代數(shù)據(jù)的時候，確定大概需...
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De novo組裝#02 | 基因組survey (jellyfish+GenomeScope2) -
基因組組裝和注釋理論基因組組裝 1.k-mer 那么我們首先要看一下k-mer是什么。它的定義是：是指將一條序列分成包含k個堿基的子字符串，如果reads長度為L，k-mer長度設(shè)為k，則產(chǎn)生的...
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基因組分析軟件（二）Genome Scope2.01. Genome Scope2.0介紹 倉庫地址：tbenavi1/genomescope2.0: Reference-free profiling of polyploi...
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基因組注釋流程一、使用Regtag將contig掛到染色體上 二、使用Repeatmasker進行基因組數(shù)據(jù)屏蔽： 三、基因預(yù)測 August使用未屏蔽基因組 August從頭預(yù)測： ge...
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GenomeScope 2.0 評估基因組大小、雜合度和重復(fù)序列GenomeScope 是2017年發(fā)表在 bioinformatic 的一個工具，這個工具的目的就是處理一些高復(fù)雜度的基因組，比如說高雜合度或者基因組非常大的物種。Geno...
