原創(chuàng)： 大土豆力 [生信菜鳥團(tuán)] 希望大家多多的支持 原文 hi，這里是手把手帶你學(xué)Python3系列階段性小結(jié)。 大概兩個(gè)多月前，我開設(shè)了這個(gè)「老坑」，內(nèi)容非常基礎(chǔ)，如果一...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：浙江
-
生信分析方向如何系統(tǒng)入門python3（2019持續(xù)更新）
-
fastqc質(zhì)控及multiqc整合使用記錄
fastqc使用比較方便的可以設(shè)置線程批量操作，可以使用 MultiQC 綜合報(bào)告查看。 重點(diǎn)還是記錄一下fastqc的結(jié)果報(bào)告： fastqc結(jié)果查看 1. 產(chǎn)生兩個(gè)結(jié)果文...
-
@劉鐵東
不客氣哈
hmmsearch的報(bào)錯(cuò)方案小試
最近又重新做起了進(jìn)化，這里就記錄一下的在這個(gè)過程中遇到的問題吧~這里轉(zhuǎn)述一下師弟的提問： 報(bào)錯(cuò)情景：hmmer / hmmsearch，在使用pfam下載的文件時(shí)，并不報(bào)錯(cuò)，...
-
如果是自己構(gòu)建的hmm文件，不是用參數(shù) --cut-ga --cut-nc --cut-tc 跑跑試試
hmmsearch的報(bào)錯(cuò)方案小試
最近又重新做起了進(jìn)化，這里就記錄一下的在這個(gè)過程中遇到的問題吧~這里轉(zhuǎn)述一下師弟的提問： 報(bào)錯(cuò)情景：hmmer / hmmsearch，在使用pfam下載的文件時(shí)，并不報(bào)錯(cuò)，...
-
circRNA最新文獻(xiàn)閱讀筆記 | CELL | 合集 1901-1905
簡(jiǎn)單回顧一下19年 circRNA 報(bào)道的大事件（CELL合集） 2019年2月7日 (農(nóng)歷己亥年正月初三) 首篇文章報(bào)道了癌癥中 circRNA 的研究工作，研究通過比較報(bào)...
-
circRNA最新文獻(xiàn)閱讀筆記 2 | CELL | 翻譯相關(guān)
編者按 幾乎是一月一推的，5月29日 CELL Resources 報(bào)道了circRNA 在人類心臟翻譯的研究進(jìn)展。 circRNA 翻譯研究方法及背景點(diǎn)下面的鏈接可以快速獲...
-
-
hmmsearch的報(bào)錯(cuò)方案小試最近又重新做起了進(jìn)化，這里就記錄一下的在這個(gè)過程中遇到的問題吧~這里轉(zhuǎn)述一下師弟的提問： 報(bào)錯(cuò)情景：hmmer / hmmsearch，在使用pfam下載的文件時(shí)，并不報(bào)錯(cuò)，...
-
circRNA最新文獻(xiàn)閱讀筆記 1 | CELL | 免疫相關(guān)
簡(jiǎn)書上的文獻(xiàn)筆記排版還沒有摸透，大家可以移步公號(hào)查看，有不便之處，敬請(qǐng)諒解。鏈接地址：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMTEwODk...
-
你好，我想問下，hmmsearch中這三個(gè)參數(shù)應(yīng)該如何條挑選使用，這些對(duì)應(yīng)的模型是不是在分析中也有很大的差異？
我大致翻譯了一下：
--cut_ga : use profile's GA gathering cutoffs to set all thresholding
使用文件的GA gathering cutoffs來設(shè)置所有的閾值
--cut_nc : use profile's NC noise cutoffs to set all thresholding
使用文件的NC noise cutoffs來設(shè)置所有閾值
--cut_tc : use profile's TC trusted cutoffs to set all thresholding
使用文件的TC trusted cutoffs來設(shè)置所有閾值HMMER3.1使用
最近在探索全基因組基因家族的分析方法，而找到某一家族需要通過保守結(jié)構(gòu)域來預(yù)測(cè)，從而找到物種的某一基因家族，從而進(jìn)行之后的分析。這里就需要用到HMMER3.1軟件，鑒定物種某一...
-
circRNA_KINFE_MEGA網(wǎng)盤使用記錄這里記錄是的 MEGA 網(wǎng)盤使用方法。 最近使用KNIFE測(cè)試數(shù)據(jù)分析的過程中，作者在github上提供了MEGA網(wǎng)盤的鏈接，方便下載已建立完整的索引，如下圖。這里使用的ma...
-
只分享設(shè)計(jì)中的實(shí)用干貨，請(qǐng)關(guān)注！
-
#GTF/GFF格式# gffread入門使用
首先了解一下GTF/GFF的格式https://asia.ensembl.org/info/website/upload/gff.html兩者的關(guān)系如下 GTF (gene ...
-
-
搬磚的工人<br>
-
HiC-Pro實(shí)戰(zhàn) #3D基因組 #表觀遺傳
首先在此感謝jimmy非常詳盡的教程 HiC數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)之HiC-Pro本文為三維基因組學(xué)習(xí)筆記的第二篇，主要記錄HiC-pro的安裝遇到的問題及部分實(shí)戰(zhàn)。 安裝 首先根據(jù)要...
-
#3D基因組 #表觀遺傳本篇簡(jiǎn)單介紹3D基因組在近期主流的兩個(gè)獲得數(shù)據(jù)的手段：Hi-C及ATAC-seq。 首先需要理清幾個(gè)概念： 1. 染色體疆域（Territory）：指每條染色體都占據(jù)著一個(gè)獨(dú)...
-
自然科普專題收錄與推薦標(biāo)準(zhǔn)請(qǐng)參考: http://www.itdecent.cn/p/e38bf5116797 如因?yàn)橐恍┛筛膭?dòng)的問題被拒稿，請(qǐng)?jiān)谛薷暮蠛?jiǎn)信聯(lián)系主編：刷牙喝涼白開，主編審核后將收錄符合要求的文章；如在了解收錄標(biāo)準(zhǔn)后仍對(duì)拒稿有異議，也可簡(jiǎn)信聯(lián)系主編。 《自然科普月刊》將恢復(fù)發(fā)刊，歡迎大家踴躍投稿，投稿可發(fā)鏈接給主編。 專題長(zhǎng)期招募副編。副編招募信息見下： http://www.itdecent.cn/p/9d116265ccc1
