現(xiàn)在我們已經(jīng)具備采用pysam模塊統(tǒng)計(jì)比對(duì)信息的知識(shí)了，這里我們編寫(xiě)一個(gè)程序來(lái)統(tǒng)計(jì)BAM/SAM文件的信息并使用samtools flagstat進(jìn)行驗(yàn)證。 NA12891_...
IP屬地：天津
-
71. 《Bioinformatics Data Skills》之使用pysam統(tǒng)計(jì)比對(duì)信息
-
生信實(shí)用工具：快速的多線程分割bam文件工具
前言 如果對(duì)較大的bam文件進(jìn)行操作時(shí)，往往相當(dāng)耗時(shí)，所以將一個(gè)很大的bam文件分割為幾個(gè)較小的bam文件，在并行進(jìn)行分析可以大大縮短所需要的時(shí)間。通常來(lái)說(shuō)分割的方法是用ba...
-
samtools常用命令詳解
samtools是一個(gè)用于操作sam和bam文件的工具集合。 1. view view命令的主要功能是：將輸入文件轉(zhuǎn)換成輸出文件，通常是將比對(duì)后的sam文件轉(zhuǎn)換為bam文件，...
-
使用Pysam操作BAM文件
Pysam操作BAM文件 Pysam包是一個(gè)處理基因組數(shù)據(jù)的python模塊，它打包了htslib-1.3、samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能，...
-
利用python中的pysam模塊做一些簡(jiǎn)單的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)（BAM文件）說(shuō)點(diǎn)閑話 起因是因?yàn)橛袀€(gè)朋友問(wèn)我能不能處理BAM文件，我找了一下python的確有處理BAM文件的模塊，在沒(méi)有搞清楚能不能做的情況下，我說(shuō)可以沒(méi)問(wèn)題，這B可裝上了天。然后，這...
-
deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python開(kāi)發(fā)的工具，適用于有效處理分析高通量測(cè)序數(shù)據(jù)，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
-
awk常用功能--持續(xù)更新
1. awk命令實(shí)現(xiàn)文本內(nèi)容行列轉(zhuǎn)化 awk -F '\t' '{for(i=1;i<=NF;i=i+1){a[NR,i]=$i}}END{for(j=1;j<=NF;j++...
個(gè)人介紹
簡(jiǎn)書(shū)是我在學(xué)習(xí)別人東西的過(guò)程中記筆記的地方，以便自己不斷查閱復(fù)習(xí)，同時(shí)通過(guò)不斷的輸出來(lái)暴露自己的短處從而不斷的進(jìn)步。大家留言問(wèn)的問(wèn)題我都看到了，沒(méi)有回復(fù)是因?yàn)樽约簩W(xué)藝不精不能準(zhǔn)確答復(fù)，望諒解~