基因組組裝 1.k-mer 那么我們首先要看一下k-mer是什么。它的定義是：是指將一條序列分成包含k個堿基的子字符串，如果reads長度為L，k-mer長度設(shè)為k，則產(chǎn)生的...
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基因組組裝和注釋理論 -
如果搭建一個本地的conda鏡像（包含bioconda）
除非有特殊需求，比如說內(nèi)網(wǎng)服務(wù)器無法訪問外部網(wǎng)站，或者特別喜歡折騰，否則都沒有必要嘗試下面的操作 構(gòu)建一個conda本地鏡像，本質(zhì)上就是把anaconda的包都下載了，然后指...
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【轉(zhuǎn)載】【MSI學(xué)習(xí)筆記】0.引言 微衛(wèi)星不穩(wěn)定（MSI），是由于錯配修復(fù)（MMR）基因突變導(dǎo)致錯配修復(fù)蛋白表達缺失而引起的，自1993年Altonen等首次在遺傳性非息肉病性結(jié)直腸癌（HNPCC）中...
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回鄉(xiāng)偶感（2016）：內(nèi)心務(wù)必強大
好吧，在這個特別的日子里，透露一個無關(guān)緊要的秘密——我關(guān)注了一個相親公眾號——碩士博士俱樂部。 此公眾號，真如名字那樣，是分享一些碩士博士相關(guān)學(xué)術(shù)文章的，介紹對象只是附加功能...
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VarDict: a novel and versatile variant caller for next-generation sequencing in cancer researchVarDict 原文鏈接 MATERIALS AND METHODS 1.Local realignments and InDel calling VarDict 通過局部...
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monocle2 擬時間分支點分析結(jié)果解讀How to map cell fate to branches? 擬時間分析結(jié)果有很多重要的結(jié)果，但是這些結(jié)果如何解讀？比如下圖的分支點分析結(jié)果： 從圖中可以看到，行代表基...
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docker-alpine 安裝Miniconda--stringtiedocker-alpine 安裝Miniconda 解決的問題安裝Glibc安裝Miniconda 解決的問題 conda是非常好的一款軟件管理工具，用它管理安裝各種軟件非常...
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10xGenomics單細胞轉(zhuǎn)錄seurat包提取表達量畫小提琴圖10xGenomics單細胞轉(zhuǎn)錄seurat包提取表達量畫小提琴圖 需求提取表達畫小提琴圖對噪音處理 需求 其實seurat包已經(jīng)有畫小提琴圖的函數(shù)，VlnPlot，參數(shù)也較...
