前言： 蛋白質(zhì)中功能的基本單元是domain,是一種特殊的三維結(jié)構(gòu)，不同結(jié)構(gòu)的domain與其他分子特異性結(jié)合從而發(fā)揮功能。與此類似，轉(zhuǎn)錄因子在于DNA序列結(jié)合時，其結(jié)合位點...
發(fā)簡信
IP屬地：浙江
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預(yù)測motif的計算原理（extend motif） -
從TCGA數(shù)據(jù)中提取lncRNA(這是一個找bug教程)從果子老師的從TCGA數(shù)據(jù)中提取lncRNA并進(jìn)行下游分析一文中，我學(xué)到了如何從TCGA表達(dá)譜數(shù)據(jù)中提取RNA。老師的教程已經(jīng)寫的很詳細(xì)了，我再補(bǔ)充一點：如何下載GTF注視文...
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Rfam:small-RNA注釋分類Rfam是用來鑒定non-coding RNAs的數(shù)據(jù)庫，常用于注釋新的核酸序列或者基因組序列。 infernal說明書:http://eddylab.org/inferna...
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流程管理工具Snakemake用法總結(jié)
介紹 snakemake 原理 建議的框架 Install 用conda在python3環(huán)境里安裝。 之后，如果python3可以正常用。（which python3）可以被...
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根據(jù)基因組fa文件和gff文件提取cds并翻譯成pep
cds文件：注釋信息里的蛋白編碼序列pep文件：cds對應(yīng)序列翻譯成的氨基酸序列從NCBI上下載基因組時，有的并沒有上傳cds文件和pep文件，此時該怎么辦呢？ （1）利用腳...
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群體進(jìn)化-GWAS分析
群體進(jìn)化-gwas分析 群體進(jìn)化基礎(chǔ)分析 PCA 分析原理PCA(Principal Component Analysis)，即主成分分析方法，是一種使用最廣泛的數(shù)據(jù)...
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CD-HIT學(xué)習(xí)
CD-hit 參數(shù)解讀 -i 設(shè)置輸入文件 -o 設(shè)置輸出文件，可以將每次分析的ID閾值放到名稱中，方便以后使用，如clean90，就是被清洗后，使用-c 0.90的分析結(jié)果...
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鏈特異性建庫如何區(qū)分正負(fù)鏈？寫在前面的廢話 經(jīng)過這兩周意外的斷更，我明白了一個道理，人都是具有慣性的…… 兩周沒寫公眾號，我似乎都習(xí)慣了懶惰，文章不想更了，筆記也懶得記了。 但是我沒忍住雙十一的誘惑，一...
