00 寫在前面 測序后公司交付數(shù)據(jù)時(shí)，一般會(huì)提供質(zhì)控后的clean data和后續(xù)的基礎(chǔ)分析結(jié)果。因?yàn)榭赡苄枰约簛磉M(jìn)行數(shù)據(jù)的預(yù)處理，記得一定要拿回raw data，同時(shí)弄清...
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測序數(shù)據(jù)基本信息統(tǒng)計(jì) | reads,coverage,depth
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R腳本-生成密度分布表格
在組學(xué)分析中，我們常常會(huì)看到曼哈頓圖，密度分布圖，bin圖等，之前我以為ggplot2畫density plot的數(shù)據(jù)處理格式和SNP密度一樣，后來發(fā)現(xiàn)不是那么麻煩?；蛟S是搜...
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2021-01-05重測序數(shù)據(jù)call SNP 流程
bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程[http://www.itdecent.cn/p/938d362fc48d]如何利用重測...
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獻(xiàn)給寫作者的 Markdown 新手指南「簡書」作為一款「寫作軟件」在誕生之初就支持了 Markdown，Markdown 是一種「電子郵件」風(fēng)格的「標(biāo)記語言」，我們強(qiáng)烈推薦所有寫作者學(xué)習(xí)和掌握該語言。為什么？可以...
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這或許是我寫的最全的BLAST教程Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等....
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Viroblast & Sequenceserver
利用云服務(wù)搭建blast服務(wù) 使用Apache2 rewrite 重定向主頁 sequenceserver 界面更為美觀的blast網(wǎng)頁應(yīng)用 使用 apache2設(shè)置訪問密碼
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使用pfam-scan進(jìn)行預(yù)測一、 安裝 使用conda安裝Pfam_scan pfam_scan依賴bioperl，因此，通過conda安裝簡單快捷. 安裝hmmer3 , 使用以下命令安裝： 數(shù)據(jù)庫下...
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Pfam安裝與使用一：下載安裝 Pfam軟件下載地址下載對(duì)應(yīng)數(shù)據(jù)地址下載三個(gè)：Pfam-A.hmm.dat.gzPfam-A.hmm.gzactive_site.dat.gz最新版的Pfam數(shù)...
