hello，今天我們繼續(xù)來(lái)分享分析代碼部分，這一次，我們直接用單細(xì)胞Seurat 的分析結(jié)果聯(lián)合VDJ進(jìn)行分析，話不多說(shuō)，直接開始。 寫出h5ad 開始分析,數(shù)據(jù)大家換成自己...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）轉(zhuǎn)錄組 & VDJ 聯(lián)合分析（14）之CoNGA -
單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總1. Seurat對(duì)象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后，矩陣默認(rèn)會(huì)變成SCT矩陣，如果不加設(shè)置，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
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“我不想24歲了，還花家里的錢”
今天接到一個(gè)小姑娘的咨詢，她問(wèn)我的公眾號(hào)有沒(méi)有兼職可以提供，她可以做一些簡(jiǎn)單的下游分析賺點(diǎn)外快。 我說(shuō)沒(méi)有呀。 科研服務(wù)是個(gè)苦差事 其實(shí)倒是經(jīng)常有一些讀者來(lái)求助，想要找我們做...
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時(shí)空軌跡分析導(dǎo)論作者，追風(fēng)少年i 時(shí)間很快，轉(zhuǎn)眼就周四了，怎能因昨天的苦難而選擇停留。 今天我們來(lái)分享一下關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組的軌跡分析問(wèn)題。 在最開始，空間轉(zhuǎn)錄組分析還不是那么成熟的時(shí)候，對(duì)空間...
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超全總結(jié)--單細(xì)胞+空間轉(zhuǎn)錄組的整合分析方法總結(jié)這一篇我們做一個(gè)詳細(xì)的總結(jié)，周五了，疫情還沒(méi)結(jié)束，父母也都老了，有時(shí)候真的感覺(jué)身為兒子實(shí)在不孝，常年在外，回家很少，家里有點(diǎn)事父母也不會(huì)跟我這個(gè)兒子說(shuō)，小病小災(zāi)的也舍不得去醫(yī)...
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單細(xì)胞之軌跡分析-6：velocyto.R+Seurat軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 單細(xì)胞之軌跡分析-2：mono...
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【代碼更新】單細(xì)胞分析實(shí)錄(20): 將多個(gè)樣本的CNV定位到染色體臂，并畫熱圖
之前寫過(guò)三篇和CNV相關(guān)的帖子，如果你做腫瘤單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，大概率看過(guò)： 單細(xì)胞分析實(shí)錄(11): inferCNV的基本用法[http://www.itdecent.cn/...
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RNA 速率學(xué)習(xí)筆記最近學(xué)習(xí)畫單細(xì)胞的擬時(shí)序軌跡圖，有一些收獲。大家經(jīng)常使用的一般是monocle，DPT等；RNA velocity是一個(gè)比較復(fù)雜的方法，它通過(guò)細(xì)胞轉(zhuǎn)錄時(shí)細(xì)胞內(nèi)成熟mRNA和m...
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細(xì)胞類型鑒定--單細(xì)胞marker基因（持續(xù)修正）細(xì)胞類型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
