寫在前面 以下內容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓班上記錄的課堂筆記 1.基因組概念 基因組應該指單...
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生信 | 基因組組裝實戰(zhàn)（四）：組裝軟件mecat2、flye、wtdbg2、Canu、Falcon -
超幾何分布檢驗（hypergeometric test）以及R中實現(xiàn)超幾何分布檢驗常用來對venn圖兩個圈overlap的顯著性進行檢驗設總共有29個人，其中11個吸煙者，18個非吸煙者，現(xiàn)從中隨機抽取16個樣本（在此實驗中對應著肺癌病人），...
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轉錄組時間序列數(shù)據(jù)處理針對轉錄組數(shù)據(jù)，平時分析中最常見兩組之間的比較，比如不同處理或者不同突變體。面對這樣的數(shù)據(jù)用用 DESeq2 或者 edgeR 基本就差不多。如果樣本量或者不同條件很多的話可...
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基因組共線性工具MCScanX使用說明MCScanX是檢測基因共線性和進化分析的常用工具之一，2012發(fā)表至今引用數(shù)200+，作者之一的唐海寶老師是國內植物基因組學生信分析、軟件開發(fā)領域的大拿，在學習使用MCSc...
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學會正確選擇多序列比對（coding-sequences）軟件前幾天，實驗室的師弟師妹通過本地blast獲取一些沒有基因組注釋物種的蛋白編碼序列。原本以為可以快速地進行下一步的選擇壓力分析，沒想到卻在多序列比對這一環(huán)節(jié)出現(xiàn)了棘手的問題。...
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MUMMER 兩個基因組間比較MUMmer出現(xiàn)的歷史背景測序技術剛開始發(fā)展的時候，大家得到的序列都是單個基因的長度，所以一般都是逐個基因的比較，用的都是BLAST或FASTA通過逐個基因聯(lián)配的方式搜索數(shù)據(jù)...
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生信筆記5-GWAS與eQTL引言 GWAS與eQTL都是用于研究基因位點與表型之間關系的手段，彼此之間存在很多的區(qū)別與聯(lián)系。 GWAS 全基因組關聯(lián)分析（Genome Wide Association ...
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linux系統(tǒng)的進程優(yōu)先等級調整1.如何讓查看linux系統(tǒng)上各程序的優(yōu)先級 命令如下： ps -efl 下面這2行是優(yōu)先等級 top top命令輸出中PR值和NI值有什么不同 NI 是優(yōu)先值，是用戶層面...
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RIdeogram：染色體數(shù)據(jù)可視化的R包已有的工具如circos, 只能繪制彎的染色體，又如R包chromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在線工具Idiographica，雖然能繪制直的...
