在上一篇中,我已經(jīng)講解了展示marker基因的前兩種圖形,分別是tsne/umap圖、熱圖,感興趣的讀者可以回顧一下。這一節(jié)我們繼續(xù)學(xué)習(xí)堆疊小提琴圖和氣泡圖。 3. 堆疊小提...
前置準(zhǔn)備 windows系統(tǒng):windows 10 專業(yè)版(家庭版無法開啟虛擬機(jī))windows用戶:Administrator (普通用戶可能會(huì)有莫名其妙的一些問題) WI...
背marker list 不要貪多哦,要慢慢地背,一個(gè)一個(gè)一個(gè)地背,然后背了再很快地忘記,如此反復(fù)。 外周血單個(gè)核細(xì)胞(Peripheral blood mononucle...
當(dāng)下載完GEO數(shù)據(jù),并做好數(shù)據(jù)整理后,得到了行名為SYMBOL,列名為SAMPLE的基因表達(dá)矩陣(已去重,log2等),現(xiàn)在就要開始進(jìn)行差異表達(dá)分析。分組表達(dá)矩陣,告訴代碼,...
參考:https://stackoverflow.com/questions/59101791/seurat-dimplot-highlight-specific-group...
作者:樂章鏈接:https://www.cnblogs.com/zhangxingeng/p/11236968.html 一、簡(jiǎn)介 1、了解Docker的前生LXC LXC為...
現(xiàn)在可以用fasterq-dump, 速度更快,請(qǐng)閱讀都8102年了,還用fastq-dump,快換fasterq-dump吧 做生信的基本上都跟NCBI-SRA打過交道,尤...
Title:An Integrated Three-Long Non-coding RNA Signature Predicts Prognosis in Colorecta...
數(shù)據(jù)挖掘推薦 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(Single-cell RNA Sequencing )通過在單個(gè)細(xì)胞水平上進(jìn)行測(cè)序,解決了用組織樣本無法獲得不同細(xì)胞間的異質(zhì)性信息或樣本量太...
上次說了除了FPKM/RPKM標(biāo)準(zhǔn)化,我們可以直接拿原始Counts去進(jìn)行差異分析,基于Deseq2、edgeR、limma三個(gè)包簡(jiǎn)單介紹一下分析流程。其中edgeR包在無生...
Tips: 這一篇文章,類似單細(xì)胞RNA-seq 最佳實(shí)踐教程,對(duì)每一步進(jìn)行了具體介紹討論。目前技術(shù)和分析方法都出現(xiàn)了好多,看一些綜述有一個(gè)整體把握。Computationa...