這個(gè)世界流行離開，但我們卻不擅長(zhǎng)告別
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單細(xì)胞分析實(shí)錄(9): 展示marker基因的4種圖形（二）
在上一篇中，我已經(jīng)講解了展示marker基因的前兩種圖形，分別是tsne/umap圖、熱圖，感興趣的讀者可以回顧一下。這一節(jié)我們繼續(xù)學(xué)習(xí)堆疊小提琴圖和氣泡圖。 3. 堆疊小提...
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工具善其事，必先利其器，WIN10 配置wsl2的開發(fā)環(huán)境前置準(zhǔn)備 windows系統(tǒng)：windows 10 專業(yè)版（家庭版無法開啟虛擬機(jī)）windows用戶：Administrator (普通用戶可能會(huì)有莫名其妙的一些問題) WI...
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單細(xì)胞PBMC經(jīng)典細(xì)胞類型marker背marker list 不要貪多哦，要慢慢地背，一個(gè)一個(gè)一個(gè)地背，然后背了再很快地忘記，如此反復(fù)。 外周血單個(gè)核細(xì)胞（Peripheral blood mononucle...
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關(guān)于GEO的分組矩陣與對(duì)比問題
當(dāng)下載完GEO數(shù)據(jù)，并做好數(shù)據(jù)整理后，得到了行名為SYMBOL，列名為SAMPLE的基因表達(dá)矩陣（已去重，log2等），現(xiàn)在就要開始進(jìn)行差異表達(dá)分析。分組表達(dá)矩陣，告訴代碼，...
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ggplot重新畫seurat對(duì)象的聚類圖
參考：https://stackoverflow.com/questions/59101791/seurat-dimplot-highlight-specific-group...
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終于有人把 Docker 講清楚了，萬字詳解！
作者：樂章鏈接：https://www.cnblogs.com/zhangxingeng/p/11236968.html 一、簡(jiǎn)介 1、了解Docker的前生LXC LXC為...
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Fastq-dump: 一個(gè)神奇的軟件現(xiàn)在可以用fasterq-dump, 速度更快，請(qǐng)閱讀都8102年了，還用fastq-dump，快換fasterq-dump吧 做生信的基本上都跟NCBI-SRA打過交道,尤...
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生信技能樹，生信菜鳥團(tuán)，jimmy
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TCGA文章復(fù)現(xiàn)——LncRNA-CRC預(yù)后Title:An Integrated Three-Long Non-coding RNA Signature Predicts Prognosis in Colorecta...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘推薦數(shù)據(jù)挖掘推薦 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（Single-cell RNA Sequencing ）通過在單個(gè)細(xì)胞水平上進(jìn)行測(cè)序，解決了用組織樣本無法獲得不同細(xì)胞間的異質(zhì)性信息或樣本量太...
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拿到基因表達(dá)矩陣之后的那點(diǎn)事(二)上次說了除了FPKM/RPKM標(biāo)準(zhǔn)化，我們可以直接拿原始Counts去進(jìn)行差異分析，基于Deseq2、edgeR、limma三個(gè)包簡(jiǎn)單介紹一下分析流程。其中edgeR包在無生...
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【轉(zhuǎn)】單細(xì)胞 ATAC 測(cè)序分析：從數(shù)據(jù)預(yù)處理到假設(shè)生成Tips： 這一篇文章，類似單細(xì)胞RNA-seq 最佳實(shí)踐教程，對(duì)每一步進(jìn)行了具體介紹討論。目前技術(shù)和分析方法都出現(xiàn)了好多，看一些綜述有一個(gè)整體把握。Computationa...
