直方圖通過(guò)在x軸上將值域分割為一定數(shù)量的組，在y軸上顯示相應(yīng)值的頻數(shù)，展示了連續(xù)型變量的分布。可以使用hist()函數(shù)創(chuàng)建直方圖 hist()用法 hist(x, break...
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R010 基本圖形-直方圖hist() -
R語(yǔ)言繪圖（ggplot2、ggpubr）從入門(mén)到精通02--柱狀圖和直方圖本系列課程要求大家有一定的R語(yǔ)言基礎(chǔ)，對(duì)于完全零基礎(chǔ)的同學(xué)，建議去聽(tīng)一下師兄的《生信必備技巧之——R語(yǔ)言基礎(chǔ)教程》。本課程將從最基本的繪圖開(kāi)始講解，深入淺出的帶大家理解和運(yùn)用...
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繪制有相關(guān)性信息和邊際直方圖的完美散點(diǎn)圖更好的閱讀體驗(yàn)>> 散點(diǎn)圖常用于展示兩個(gè)變量之間的關(guān)系。下面將首先展示如何在R中繪制散點(diǎn)圖；使用ggpubr包中的函數(shù)來(lái)添加相關(guān)系數(shù)和顯著性水平；還將介紹如何進(jìn)行分組著色以及...
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R語(yǔ)言初步-散點(diǎn)圖R語(yǔ)言學(xué)習(xí)筆記總結(jié) R語(yǔ)言初步-圖形映射基礎(chǔ) 1、入門(mén)&散點(diǎn)圖 tidyverse的一個(gè)核心R包：ggplot2 R包只需要安裝一次，但是開(kāi)始新的工作簿都要重新加載。所以每次...
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mRNA-seq學(xué)習(xí)（三）：htseq-count計(jì)數(shù)htseq-count計(jì)數(shù)的相關(guān)內(nèi)容前面在不同的學(xué)習(xí)階段寫(xiě)過(guò)兩次，分別是合并htseq-count的結(jié)果得到count matrix和htseq-count的一個(gè)坑，其中第二...
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RNA-seq練習(xí) 第二部分（基因組序列下載，注釋文件下載，索引下載，比對(duì)，比對(duì)質(zhì)控,HTseq-count計(jì)數(shù)，輸出count矩陣文件）參考基因組下載有三大全文網(wǎng)站提供參考基因組下載，它們分別是：1.NCBI （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC (http://h...
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轉(zhuǎn)錄組分析流程概述轉(zhuǎn)錄組分析總體流程如圖所示，主要分為上游分析（原始數(shù)據(jù)質(zhì)量控制、比對(duì)、組裝、定量），下游分析（差異分析、富集分析）和高級(jí)分析（共表達(dá)分析、GSEA、時(shí)序性分析等）。整個(gè)流程圖...
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轉(zhuǎn)錄組分析流程概念及類型： 轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）廣義上指某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合，包括信使RNA、核糖體RNA、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA及非編碼RNA；狹義上指所有mRN...
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2020-01-11 了解FASTQ格式并處理FASTQ文件FASTQ文件格式是測(cè)序儀展示數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)格式，可以看成FASTA文件的變種（FASTA+Q），因?yàn)槠浒藢?duì)序列中每個(gè)堿基的Qualify Measurement。（如：堿基...
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R入門(mén)1 R入門(mén)與基礎(chǔ)繪圖系統(tǒng)學(xué)習(xí)筆記我的R學(xué)習(xí)領(lǐng)路人是北大生信在讀博士孟浩巍，學(xué)習(xí)R是從參加他的知乎live課程《R入門(mén)與基礎(chǔ)繪圖系統(tǒng)》開(kāi)始的，從第一次講座時(shí)間到現(xiàn)在雖然才過(guò)去不到一周，但我已經(jīng)可以把R當(dāng)做一個(gè)...
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【r<-安裝】從源安裝R3.5 （Ubuntu 18.04LTS）
遇到編譯問(wèn)題和報(bào)錯(cuò)，可以參考下面兩篇博文： ubuntu上安裝R的時(shí)候遇到的問(wèn)題總結(jié) CentOS 下 R 的安裝 自定義修改提示符，比如在.Rprofile中添加：
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參考基因組下載和構(gòu)建STAR索引（小鼠）0. STAR下載 下載2.6.1b版本的STAR wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.6.1b.tar.gz...
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第十一章 K-Means(K均值)算法模型實(shí)現(xiàn)（上）
最近打算把所有的數(shù)據(jù)挖掘領(lǐng)域的算法研究一遍并用python實(shí)現(xiàn)寫(xiě)成文章。本篇是對(duì)KMeans算法的上半段代碼的實(shí)現(xiàn)的大概總結(jié)。下篇會(huì)盡快更新，共勉！ 聚類算法用于根據(jù)數(shù)據(jù)的特...
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三種方法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù) 學(xué)習(xí)筆記
所用數(shù)據(jù)為一個(gè)屬內(nèi)不同種不同群體的葉綠體基因組序列，數(shù)量為80條。 發(fā)現(xiàn)用全長(zhǎng)序列建樹(shù)的時(shí)候，不適合選用太多外類群，否則ML法中會(huì)導(dǎo)致屬內(nèi)分枝的枝長(zhǎng)特別短。原因應(yīng)該是基因間隔...
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喜歡寫(xiě)代碼的外科醫(yī)生。
