作者：ahworld鏈接：以《致癌物或病毒介導(dǎo)的HNSCC免疫圖譜》為例總結(jié)單細(xì)胞文章分析框架來源：微信公眾號(hào)-seqyuan著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請(qǐng)聯(lián)系作者。 ...
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以一篇文章為例，總結(jié)單細(xì)胞文章分析框架 -
免疫組庫(kù)數(shù)據(jù)分析1-scRepertoire免疫組庫(kù)基礎(chǔ)知識(shí)見：?jiǎn)渭?xì)胞免疫組庫(kù)：TCR基因重排原理和TCR測(cè)序建庫(kù)方法[http://www.itdecent.cn/p/c4896ffadc46] scReperto...
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復(fù)現(xiàn)3：AD外周血的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組與免疫組庫(kù)分析Single-Cell RNA Sequencing of Peripheral Blood Reveals Immune Cell Signatures in Alzhei...
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Benchmark ||單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組轉(zhuǎn)錄因子和通路分析方法比較我們知道在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的下游，在我們走過了fig1（通常是個(gè)圖譜）之后，往往要沿著基因這條路深挖一下生物學(xué)意義。從bulk轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中提取功能和機(jī)制的洞察力的功能分析...
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一個(gè)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析項(xiàng)目前言 從兩個(gè)月前老板說要搞一個(gè)簡(jiǎn)單的生信分析到現(xiàn)在，經(jīng)過一個(gè)轉(zhuǎn)錄組分析的訓(xùn)練后，感覺可以試試看了。這個(gè)項(xiàng)目的要求是從一個(gè)單細(xì)胞數(shù)據(jù)里比較不同細(xì)胞在不同通路上轉(zhuǎn)錄水平的差異。同...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組高級(jí)分析二：轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
SCENIC簡(jiǎn)介 組織內(nèi)細(xì)胞異質(zhì)性的基礎(chǔ)是細(xì)胞轉(zhuǎn)錄狀態(tài)的差異，轉(zhuǎn)錄狀態(tài)的特異性又是由轉(zhuǎn)錄因子主導(dǎo)的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（GRNs）決定并維持穩(wěn)定的。因此分析單細(xì)胞的GRNs有助于深入...
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6、Marker gene detection原文鏈接Chapter 11 Marker gene detection[https://osca.bioconductor.org/marker-detection.htm...
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鏈特異性建庫(kù)如何區(qū)分正負(fù)鏈？寫在前面的廢話 經(jīng)過這兩周意外的斷更，我明白了一個(gè)道理，人都是具有慣性的…… 兩周沒寫公眾號(hào)，我似乎都習(xí)慣了懶惰，文章不想更了，筆記也懶得記了。 但是我沒忍住雙十一的誘惑，一...
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