作者，追風(fēng)少年i hello，大家好，今天這個日子相信大家都不會陌生吧，不知道有沒有當(dāng)年復(fù)讀的童鞋，日子很快，恐怕高考之后，再也沒有經(jīng)歷過高中那種煉獄的日子。 今天我們分享一...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）細(xì)胞通訊分析之InterCellDB（推斷通訊中感興趣的生物學(xué)功能） -
Seurat4.0系列教程19：多線程并行策略在Seurat，我們選擇使用future框架進(jìn)行并行。如果您有興趣了解更多有關(guān)future框架的內(nèi)容，請點擊此處[https://cran.r-project.org/web...
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R-熱圖-pheatmappheatmap是繪制熱圖的經(jīng)典R包。其中一些細(xì)節(jié)參數(shù)設(shè)置，之前每次遇到都是網(wǎng)上搜索。這次系統(tǒng)整理下常用用法，為以后繪圖提供方便。 0、示例數(shù)據(jù)與R包加載 （1）模擬示例數(shù)據(jù)...
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努力努力再努力~<br>個人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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單細(xì)胞測序GSVA基因集變異分析GSVA基因集變異分析結(jié)合limma包分析差異基因集 基因集變異分析即GSVA（Gene set variation analysis）,是一種非參數(shù)的無監(jiān)督分析方法，主要用...
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Monocle2包學(xué)習(xí)筆記（三）：Constructing Single Cell Trajectories
image Monocle2使用反向圖嵌入（Reversed Graph Embedding）的機(jī)器學(xué)習(xí)算法，來對單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行單細(xì)胞發(fā)育軌跡推斷分析。Mono...
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Monocle2包學(xué)習(xí)筆記（四）：Differential Expression Analysis
差異基因表達(dá)分析是RNA-Seq實驗中的常見任務(wù)，Monocle2可以幫助我們找到在不同組細(xì)胞之間差異表達(dá)的基因，并評估這些基因差異表達(dá)變化的統(tǒng)計學(xué)意義。 Basic Dif...
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Monocle2包學(xué)習(xí)筆記（二）：Classifying and Counting Cells
image 在單細(xì)胞實驗中，我們所取的組織樣本通常是混雜有多種細(xì)胞類型的復(fù)雜混合物。解離的組織樣本可能包含有兩種，三種甚至許多不同的細(xì)胞類型。在這種情況下，最好使用已知的ma...
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Monocle2包學(xué)習(xí)筆記（一）：Getting Started with Monocle
Monocle包是一個強(qiáng)大的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析工具，它引入了一個對單細(xì)胞進(jìn)行排序的新方法（擬時序分析），通過利用不同細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控的異步過程，將它們沿著與生物過程（如細(xì)胞分化...
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可視化神器ggstatsplot = 繪圖+統(tǒng)計ggstatsplot是ggplot2包的擴(kuò)展，主要用于繪制可發(fā)表的圖片同時標(biāo)注統(tǒng)計學(xué)分析結(jié)果，其統(tǒng)計學(xué)分析結(jié)果包含統(tǒng)計分析的詳細(xì)信息，該包對于經(jīng)常需要做統(tǒng)計分析的科研工作者...
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scRNA-seq擬時分析 || Monocle2 踩坑教程擬時（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
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pheatmap熱圖技巧合集突然間發(fā)現(xiàn)，我一做熱圖就用pheatmap幾乎不存在第二個選項了。是時候跑一遍pheatmap的demo了. Examples scale是一個值得注意的參數(shù)，它旨在說明你想...
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CellChat 三部曲3：具有不同細(xì)胞類型成分的多個數(shù)據(jù)集的細(xì)胞通訊比較分析
CellChat 三部曲3：具有不同細(xì)胞類型成分的多個數(shù)據(jù)集的細(xì)胞通訊比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 第一部分：比較分析具...
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CellChat 三部曲2：使用CellChat 對多個數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析CellChat 三部曲2：使用CellChat 對多個數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 創(chuàng)建目錄以保存圖...
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CellChat || Seurat、scanpy單細(xì)胞數(shù)據(jù)構(gòu)建CellChat對象
我們展示如何從其他現(xiàn)有的單細(xì)胞分析工具包(包括Seurat和Scanpy)中提取CellChat輸入文件。 CellChat需要兩個輸入文件:一個是細(xì)胞的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，另一個...
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CellChat三部曲1：使用CellChat對單個數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析CellChat三部曲1：使用CellChat對單個數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析 自從周運來在簡書寫了一篇cellchat的中文介紹教程，然后R包作者也在B站做了直播介紹，cel...
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CellChat使用簡介
1、軟件的功能 CellChat主要可以做2部分工作： 1）受體-配體互作。CellChatDB包含人類和小鼠中具有文獻(xiàn)支持的配體-受體互作關(guān)系，包括多聚體和輔酶因子； 2）...
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cellchat整合多個數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞通訊分析Load the required libraries Create a directory to save figures Load CellChat object of ...
