vcf文件儲(chǔ)存的是樣本的變異信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式進(jìn)行分析，最終會(huì)獲得單個(gè)樣本的變異數(shù)據(jù)。這種文件很難對同組不同樣本進(jìn)行差異...
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多款軟件進(jìn)行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
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snpEff注釋vcf前構(gòu)建庫的Error ：CDS check file cds.fa' not found. Protein check file not found. Database c...
conda activate java12 #進(jìn)入還有java高版本的conda所屬環(huán)境snpEff #啟動(dòng) snpEff 構(gòu)建小鼠的數(shù)據(jù)庫 先進(jìn)入 snpeff-5.1-1...
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水稻染色體RNA的質(zhì)控、比對和計(jì)數(shù)首先要感謝特別特別好說話的師姐和同門的幫助和交流，主要用到的工具是linux和NCBI 然后在整個(gè)過程中也借鑒了jimmy大神的簡書貼子，鏈接：原創(chuàng)10000+生信教程大神給...
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Counts FPKM RPKM TPM CPM 的轉(zhuǎn)化
一、什么是RPKM、 FPKM、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly explained - StatQuest!!
二代數(shù)據(jù)鑒定ncRNA軟件原理與應(yīng)用二代數(shù)據(jù)鑒定ncRNA常用軟件 目前，對于二代數(shù)據(jù)分析lncRNA的流程大致為： 目前有很多軟件可以鑒定樣本中的ncRNA，但是每一個(gè)軟件的都會(huì)有一定的假陽性，所以最好是多個(gè)...
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featureCounts 得到的counts計(jì)算 cpm、 tpm、FPKM
一、從上游輸出文件結(jié)果中獲取基因有效長度 一般而言，RNA-seq得到原始counts表達(dá)矩陣最常用到的上游軟件就是featureCounts和Salmon了，在這兩類軟件的...
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非模式生物GO、KEGG富集分析GO、KEGG富集分析是我們做生信分析較為常用的部分，它可以將基因與功能相聯(lián)系起來。GO指的是Gene Ontology，是基因功能國際標(biāo)準(zhǔn)分類體系。目的在于建立一個(gè)適用于各...
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R腳本--FeatureCounts計(jì)算reads counts 矩陣，并轉(zhuǎn)化為FPKM和TPM值
代碼如下： 使用方法如下：usage: run-featurecounts.R [--] [--help] [--bam BAM][--gtf GTF] [--output ...
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STEP8:鑒定全新的lncRNA
這個(gè)時(shí)候已經(jīng)不是表達(dá)矩陣的事情了，要從新從fastq測序數(shù)據(jù)開始。對測序后的fastq數(shù)據(jù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本的組裝?；诮M裝后的轉(zhuǎn)錄本，通過數(shù)據(jù)庫注釋去掉編碼蛋白質(zhì)的mRNA以及數(shù)據(jù)...
