發(fā)簡信
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DESeq2差異基因分析和批次效應(yīng)移除差異基因鑒定 基因表達(dá)標(biāo)準(zhǔn)化 不同樣品的測序量會有差異，最簡單的標(biāo)準(zhǔn)化方式是計算counts per million (CPM)，即原始reads count除以總reads...
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30張圖帶你徹底理解紅黑樹寫在前面 當(dāng)在10億數(shù)據(jù)進行不到30次比較就能查找到目標(biāo)時，不禁感嘆編程之魅力！人類之偉大呀！ —— 學(xué)紅黑樹有感。 終于，在學(xué)習(xí)了幾天的紅黑樹相關(guān)的知識后，我想把我所學(xué)所想...
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NCBI組學(xué)數(shù)據(jù)上傳流程論文發(fā)表之前我們常常會有遞交測序數(shù)據(jù)到NCBI的需求，這些數(shù)據(jù)例如：基因組，轉(zhuǎn)錄組，ChIP-seq，ATAC-seq，基因組注釋文件，三代測序原始數(shù)據(jù)等都有不同的NCBI子...
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無敵
NCBI組學(xué)數(shù)據(jù)上傳流程
論文發(fā)表之前我們常常會有遞交測序數(shù)據(jù)到NCBI的需求，這些數(shù)據(jù)例如：基因組，轉(zhuǎn)錄組，ChIP-seq，ATAC-seq，基因組注釋文件，三代測序原始數(shù)據(jù)等都有不同的NCBI子...
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用requests爬取數(shù)據(jù)庫并轉(zhuǎn)換成EBL下載鏈接之前老師給了我一個儲存RNA-seq和Ribo-seq數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫translatome db讓我在上面下數(shù)據(jù)，但是這個數(shù)據(jù)庫本身并不存儲測序數(shù)據(jù)，每一組數(shù)據(jù)需要點擊后面的鏈...
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湖南大學(xué)生物學(xué)院羅宵教授課題組成員。數(shù)學(xué)癡，癡迷概率論與數(shù)理統(tǒng)計，師從西北農(nóng)林科技大學(xué)概率論與數(shù)理統(tǒng)計系徐釗教授。年僅23歲時便輕松解決阿里巴巴達(dá)摩院數(shù)學(xué)競賽壓軸題（概率論與數(shù)理統(tǒng)計方向）。現(xiàn)代統(tǒng)計模型與算法滿分試卷，一題三解的滿分試卷成為后續(xù)研究生的范本。<br>研究興趣：大語言模型（Large Language Model）；可解釋性深度學(xué)習(xí)xAI；概率論與數(shù)理統(tǒng)計；微分幾何<br>帶教經(jīng)驗：<br>在杭州景杰生物擔(dān)任高級生物信息工程師時首次帶徒弟便獲金牌師徒獎項<br>論文發(fā)表層面<br>指導(dǎo)西安交通大學(xué)第一附屬醫(yī)院馮醫(yī)生[1]及湖北民族大學(xué)研究生陳同學(xué)[2]發(fā)表SCI論文兩篇。和西南醫(yī)院丁博共同完成基于多組學(xué)數(shù)據(jù)的非酒精性脂肪肝分子分型研究[3]。<br>1 Feng G, et al. Novel urinary protein panels for the non-invasive diagnosis of non-alcoholic fatty liver disease and fibrosis stages. Liver Int. 2023 Jun;43(6):1234-1246. doi: 10.1111/liv.15565. Epub 2023 Mar 27. PMID: 36924436.<br>2 Chen X, et al. (2024) Projecting the future redistribution of Pinus koraiensis (Pinaceae: Pinoideae: Pinus) in China using machine learning. Front. For. Glob. Change 7:1326319.<br>3 Ding et al.,(2024) Integration multi-omics analysis identifies the distinct molecular subtypes of non-alcoholic fatty liver disease in humans.Science Translational Medicine (IF =18). （Status: Minor revision） <br><br>
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ReadtheDocs+sphinx創(chuàng)建在線文檔初次接觸 Readthedocs 是在大二的時候用到一個處理 Ribo-seq 數(shù)據(jù)的軟件，雖然也是基于 Linux 系統(tǒng)的命令行工具而且步驟繁雜，運行前要填寫很多配置信息，...
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Linux中國是一家創(chuàng)立于2003年的國內(nèi)開源社區(qū),主要關(guān)注方向在 Linux 推廣、Linux 技術(shù)研究、Linux 業(yè)界事件的傳播。Linux 中國包括網(wǎng)站、微博、微信和郵件列表等平臺。
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有了docsify神器，從此愛上看文檔簡介 一個神奇的文檔網(wǎng)站生成工具 我們在做完項目的時候經(jīng)常會寫一些項目手冊，來記錄我們在項目開發(fā)過程中的一些開發(fā)流程、使用方式以及注意事項，分享給將會使用到這個項目的人，方便...
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生信技能樹，生信菜鳥團，jimmy
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Linux 非root 更新動態(tài)庫GLIBC-2.14后出現(xiàn)低版本內(nèi)核更新GLIBC后與Java不兼容的問題的解決方案
問題來源： 記得之前在Ubuntu上更新了gcc后，運行軟件時出現(xiàn)了如下報錯： /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4...
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ssh如何快捷登陸服務(wù)器
一般用ssh連接服務(wù)器過程比較繁瑣，需要先輸入ssh user@ip，然后在輸入密碼。對于大型服務(wù)器來說，用戶名一般都比較長，外加ip，還有之后需要輸入密碼，連接服務(wù)器就需要...
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微信公眾號：Python中文社區(qū)<br>知乎專欄：Python中文社區(qū)<br>社區(qū)維基：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fpython-chinese.github.io%2F" target="_blank">https://python-chinese.github.io/</a><br>會員登記：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=http%3A%2F%2Fpython-china.mikecrm.com%2FYo0BOQd" target="_blank">http://python-china.mikecrm.com/Yo0BOQd</a><br><br>合作請聯(lián)系微信:AndyWong188<br>投稿郵箱：pythonpost@163.com
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用Biopython解析BLAST結(jié)果
這次使用的是 biopython 中解析 blast 結(jié)果的功能，隨著 blast 版本的不斷更新， blast的輸出結(jié)果的格式也在不斷改變，所以這對于 biopython ...
