寫在前面的話：GSEA對于生物信息學(xué)技能的要求不高，以至于不需要太多的生信知識就能學(xué)會，這也成為了生物研究生的必備技能，如果你還不會的話，這篇教程將讓你100%學(xué)會，只要你從...
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limma 差異分析透徹講解基因表達(dá)差異分析是我們做轉(zhuǎn)錄組最關(guān)鍵根本的一步，edgeR+limma是目前最為推薦的方式。本文結(jié)合示例數(shù)據(jù)，將對這個過程進(jìn)行梳理，讓你明白limma包的why，what，h...
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使用limma、Glimma和edgeR對RNA-seq數(shù)據(jù)分析筆記1 摘要 簡單且高效地分析RNA測序數(shù)據(jù)的能力正是Bioconductor的核心優(yōu)勢之一。在獲得RNA-seq基因表達(dá)矩陣后，通常需要對數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理、探索性數(shù)據(jù)分析、差異表...
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14種單細(xì)胞測序去批次效應(yīng)哪家強(qiáng)
今天跟大家分享的是2020年1月發(fā)表在Genome Biol.（IF：14.028）雜志上的一篇文章A benchmark of batch-effect correctio...
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差異表達(dá)基因分析：差異倍數(shù)(fold change), 差異的顯著性(P-value)Differential gene expression analysis：差異表達(dá)基因分析 Differentially expressed gene (DEG)：差異表達(dá)...
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RNA-seq中的那些統(tǒng)計學(xué)問題（二）FPKM/RPKM之外的那些標(biāo)準(zhǔn)化方法目錄 1. 標(biāo)準(zhǔn)化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Quantile1.6. Media...
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三分讀書丨如何成為一個更厲害的人王瀟瀟灑姐常常掛在嘴邊的一句話是，“勇猛精進(jìn)”。很喜歡這句slogan，“精進(jìn)”意味著熟練和進(jìn)步，“勇猛”意味著高效和果斷。進(jìn)步當(dāng)然是好事，但遲緩的進(jìn)步就像過期的禮物，很難讓...
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跑步有什么意思??？今天和一群小伙伴跑了個馬拉松，準(zhǔn)確來說，我和一小撮兒群眾參加了五公里的快樂跑，大部分人參加的是半馬，有幾位大牛參加了全馬（而且竟然完成了，真的是大牛，至少不再是人類了）。 不...
