GO、KEGG富集分析是我們做生信分析較為常用的部分，它可以將基因與功能相聯(lián)系起來。GO指的是Gene Ontology，是基因功能國際標(biāo)準(zhǔn)分類體系。目的在于建立一個(gè)適用于各...
IP屬地：山東
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非模式生物GO、KEGG富集分析 -
clusterProfiler挑選背景集做GO富集
我們一般在利用clusterProfiler做GO富集的時(shí)候，往往都是默認(rèn)用全部基因集去當(dāng)背景集去做的，由于富集分析的假設(shè)檢驗(yàn)利用的是fisher檢驗(yàn)，傳送門：fisher檢...
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R包sva去除批次效應(yīng)關(guān)于sva包 sva的用戶說明：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/sva/inst/do...
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有了TPM，怎么做基因表達(dá)分析、相關(guān)性分析和主成分分析TPM是RNAseq測(cè)序結(jié)果里很好的歸一化表達(dá)矩陣，以前都是FPKM，但目前TPM才是主流，很多測(cè)序公司也開始用TPM作為基因定量單位進(jìn)行分析了，基因表達(dá)分布、相關(guān)性系數(shù)和主...
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ggplot2繪制玫瑰圖本節(jié)根據(jù)2020-2021年美國疾病死亡率數(shù)據(jù)[https://data.cdc.gov/NCHS/Monthly-Counts-of-Deaths-by-Select-Ca...
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我給別人講了一次R語言入門不要和我說文后的鏈接不可用，已經(jīng)很多人測(cè)試過了，是沒有問題的。測(cè)試圖如果你是在這個(gè)文章發(fā)布(2018年11月8日)幾個(gè)月后看到這篇文章，就不需要下載了，因?yàn)檫^時(shí)了。 今天我在...
