作者：堯小飛審稿：童蒙編輯：amethyst 引言 隨著10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的普及，現(xiàn)在的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析越來越普及，得到的單細(xì)胞數(shù)據(jù)越來越多。然而單細(xì)胞轉(zhuǎn)...
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詳細(xì)介紹新版SingleR進(jìn)行單細(xì)胞自動(dòng)化鑒定
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安裝SingleR之前，先看看它的數(shù)據(jù)庫里有沒有你要的細(xì)胞
singleR這個(gè)R包，還有它配套的celldex數(shù)據(jù)庫，安裝真的好麻煩啊 為了安裝它，把我的的R升到了最新版，結(jié)果更新又很麻煩…… 好不容易安上了這個(gè)包，發(fā)現(xiàn)自動(dòng)注釋出來的...
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R-Seurat單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析流程Seurat standard pipeline[#seurat-standard-pipeline]創(chuàng)建Seurat對象[#%E5%88%9B%E5%BB%BAseurat...
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簡書筆記匯總
以下是我簡書里所有的文章鏈接，按不同的專題分類，方便大家根據(jù)不同專題以及文章題目快速的查看所需內(nèi)容。 持續(xù)更新中~ Linux學(xué)習(xí)筆記 《Linux命令行與shell腳本編程...
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estimate 包所有函數(shù)超詳細(xì)解讀及計(jì)算免疫浸潤評分estimate包可以通過RNA-seq的數(shù)據(jù)來計(jì)算標(biāo)本的免疫及機(jī)制評分，進(jìn)而評估腫瘤的純度，其原理通過特征的腫瘤的RNA-seq的signture來評估以上內(nèi)容，其輸入文件...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:New data visualization methods in v3.0編者按：本文介紹了新版Seurat在數(shù)據(jù)可視化方面的新功能。主要是進(jìn)一步加強(qiáng)與ggplot2語法的兼容性，支持交互操作。 seurat visualization我們將使用之...
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maftools畫瀑布圖（oncoplot）什么是瀑布圖 這種由麥肯錫顧問公司所獨(dú)創(chuàng)的圖表類型，因?yàn)樾嗡破俨剂魉环Q之為瀑布圖( Waterfall Plot)。瀑布圖具有自上而下的流暢效果，也可以稱為階梯圖（Cas...
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呦呦切克鬧，WGCNA來一套劉小澤寫于18.10.10很早就見過它，但只是不明覺厲，直到昨天才開始認(rèn)真了解是這樣的：昨天上午看了一篇文獻(xiàn)，講冠心病的基因共表達(dá)分析，簡而言之就是把得到的幾千個(gè)變化比較大的...
