1. Seurat對象查看當(dāng)前的Assay 在進行了SCTransform操作后，矩陣默認(rèn)會變成SCT矩陣，如果不加設(shè)置，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總 -
sctransform預(yù)處理后，如何進行差異表達分析一、seurat執(zhí)行差異表達分析 根據(jù)單細(xì)胞數(shù)據(jù)預(yù)處理的方式不同（lognormalize和sctransform），執(zhí)行差異表達分析代碼有所不同，這個需要注意。我當(dāng)時請教過...
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【已解決】Xshell評估期已過，xshell7個人免費版下載Xshell功能強大，在使用過程中，本人習(xí)慣它的黑底風(fēng)格，所以一直用的Xshell，雖然好用，但很多人的xshell是在軟件管家里下載的，或是不知道哪里有免費的，所以下載到了...
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GEO數(shù)據(jù)庫挖掘—生信技能樹B站視頻以下是B站生信技能樹GEO數(shù)據(jù)庫挖掘的課程筆記 主要內(nèi)容及學(xué)習(xí)目的： 介紹GEO數(shù)據(jù)庫：了解數(shù)據(jù)存放位置； 介紹GSE項目的3種下載方式； 介紹ID轉(zhuǎn)換：使用R語言技巧實現(xiàn)基...
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DNA甲基化測序數(shù)據(jù)處理（二）：差異分析前言 銜接上一篇數(shù)據(jù)比對后的結(jié)果，使用R包DSS進行處理。 Input文件準(zhǔn)備 我們先來復(fù)習(xí)一下上一節(jié)課得到的數(shù)據(jù)結(jié)果：*.bismark.cov.gz 文件 這里我們使用的...
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DNA甲基化測序數(shù)據(jù)處理（一）：數(shù)據(jù)比對前言 因為組里面出了一批甲基化測序數(shù)據(jù)，使用的技術(shù)為BS-seq，處理的時候順帶記錄了學(xué)習(xí)過程，演示使用數(shù)據(jù)為官方提供的example.fastq。 DNA甲基化及CpG島定...
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STEP5:差異表達的mRNA和lncRNA很明顯，得到了表達矩陣之后，根據(jù)上面的樣本信息，可以按照年齡，性別，取樣部位來進行分組找差異?？梢詤⒖迹篽ttps://github.com/jmzeng1314/my-R/...
