提取表達(dá)矩陣 如果是getGEO函數(shù)導(dǎo)入的，exprs函數(shù)提取表達(dá)矩陣 如果是read_tsv函數(shù)導(dǎo)入 查看數(shù)據(jù)分布 對數(shù)值進(jìn)行l(wèi)og2轉(zhuǎn)換 查看數(shù)值分布
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GEO數(shù)據(jù)挖掘（三）：log2數(shù)值的轉(zhuǎn)換 -
單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-1：CellphoneDB常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
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孟德爾隨機(jī)化推斷暴露因素與健康結(jié)局的因果關(guān)系1. 孟德爾隨機(jī)化方法 傳統(tǒng)觀察性流行病學(xué)研究在發(fā)現(xiàn)疾病病因以及因果推斷中存在諸多挑戰(zhàn)，比如反向因果關(guān)聯(lián)、潛在混雜因素、微效暴露因素以及多重檢驗(yàn)等，當(dāng)研究者訴諸于隨機(jī)對照試驗(yàn)...
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R語言批量去掉“雙引號”在GEO讀取矩陣文件，或者其他文件的時(shí)候常常會(huì)碰到下面這樣的情況 這樣對后面的ID轉(zhuǎn)化非常不方便，所以我們要去掉雙引號代碼如下 但是要注意的是，我們是一整個(gè)矩陣，有幾千行，不...
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TwoSampleMR：兩樣本孟德爾隨機(jī)化孟德爾隨機(jī)化推斷暴露因素與健康結(jié)局的因果關(guān)系[http://www.itdecent.cn/p/8ac31267d3d8] 主要步驟：1. 讀取暴露因素GWAS數(shù)據(jù)選取合適...
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跟著Nature Metabolism學(xué)作圖:R語言ggplot2柱形圖和下三角熱圖完整示例論文 Single-cell profiling of vascular endothelial cells reveals progressive organ-specif...
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R數(shù)據(jù)分析：生存數(shù)據(jù)的預(yù)測模型建立方法與評價(jià)
之前寫了生存分析列線圖的做法，列線圖作為一個(gè)預(yù)測模型可視化工具，我們使用它的過程其實(shí)就是一個(gè)給新數(shù)據(jù)做預(yù)測的過程，其內(nèi)在本身的模型就是我們基于現(xiàn)有數(shù)據(jù)訓(xùn)練的一個(gè)預(yù)測模型，今天...
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Claudins家族1. 緊密連接和Claudins家族 相鄰上皮細(xì)胞之間的細(xì)胞旁空間被幾種類型的細(xì)胞-細(xì)胞連接所密封，其中一種是緊密連接（Tight Junction， TJs）。TJs是正常...
