本教程根據(jù)PlantTech的WGCNA課程編寫，課程還是不錯的，所以將該課程給大家分享一下。 WGCNA筆記第一彈 WGCNA分析原理 WGCNA應(yīng)用場景 WGCNA分析實...
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WGCNA學(xué)習(xí)：WGCNA分析原理 -
WES2Neoantigen PipelinePart 1 Trimmomatic Trimmomatic 發(fā)表的文章至今已被引用了 2810 次，是一個廣受歡迎的 Illumina 平臺數(shù)據(jù)過濾工具。 Trimmoma...
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WES2Neoantigen Pipeline
Part 2 BWA 一、建立索引 $ bwa index -a bwtsw human.fa -a [is|bwtsw] : 輸入構(gòu)建Index的算法。is算法快速簡單，是...
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WES2Neoantigen Pipeline
Part 3 Samtools view view命令的主要功能是：將sam文件轉(zhuǎn)換成bam文件；然后對bam文件進行各種操作，比如數(shù)據(jù)的排序(不屬于本命令的功能)和提取(這...
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基于點突變數(shù)據(jù)預(yù)測腫瘤抗原在本文的研究中，作者探究了患者的突變情況如何影響腫瘤的免疫原性（免疫原性是指人和動物體內(nèi)一種特殊物質(zhì)比如抗原或抗原表位激活免疫反應(yīng)的能力），因此首先構(gòu)建了pipeline由體...
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PhenoGraph聚類算法
背景&思想 PhenoGraph算法的輸入是一個N X D的矩陣， 把這個矩陣中的行劃分到類別中，使得類別間的差異大于類別內(nèi)的差異。 我們的假設(shè)是，這些類別代表具有生物學(xué)意義...
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確定聚類分析中的類別個數(shù)的方法1、 gap statistic 以k-means聚類為例，對于一個聚類個數(shù)k，首先利用k-means聚類將樣本聚成k類，然后計算k類中各類內(nèi)各點與類中心的距離加和W(ki)...