寫在前面 最近主要忙一些植物群體基因組數(shù)據(jù)的項目。前面提過，趕時間，全基因組的 SNP Calling 使用 GATK 流程，還是需要跑上兩三天。但這個還是耗時，并不一定能夠...
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教程 | 簡單粗暴的葉綠體基因組 SNP Calling 流程 -
十. 基因表達(dá)作圖--ggplot2::geom_bar一. 簡介 利用柱形圖展示不同樣品中基因表達(dá)的整體情況，首先讀取基因表達(dá)矩陣，再將數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換成row，col，value三列的格式，然后利用ggplot2畫圖 二. 畫圖代...
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「r<-資源」ggplot2優(yōu)雅繪圖指南原文鏈接：https://pkg.garrickadenbuie.com/gentle-ggplot2/ 截圖不易，且看且珍惜。觀察每一張圖的變化，感受 ggplot2 的...
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八. SNP檢測和進(jìn)化分析（Snippy）
一. 簡介 Snippy[https://github.com/tseemann/snippy]是一款用于SNP檢測的軟件，可以通過分析得到核心SNP，進(jìn)行比對構(gòu)建進(jìn)化樹。 ...
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教程 | 使用 CPGAVAS2 進(jìn)行葉綠體基因組注釋寫在前面 前述，介紹了使用 GetOrganelle 軟件進(jìn)行植物葉綠體基因組組裝。測試了下軟件，130個樣品，直接成環(huán)的有76個。手動調(diào)整了參數(shù)，除了 10 個左右的樣品外...
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【6】蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定定量軟件之MaxQuant1.簡介 2016年，德國馬普所的Cox和蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域巨擘Matthias Mann合作開發(fā)了MaxQuant軟件（MQ），并發(fā)表在nbt上，protocol也相應(yīng)發(fā)表在n...
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WGCNA分析，簡單全面的最新教程本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程，參考了最新的文檔。第一全的還在路上，會出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測序分析實戰(zhàn)班上，歡迎點擊鏈接了解更多。 WGC...
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Markdown基本語法Markdown是一種純文本格式的標(biāo)記語言。通過簡單的標(biāo)記語法，它可以使普通文本內(nèi)容具有一定的格式。 相比WYSIWYG編輯器 優(yōu)點：1、因為是純文本，所以只要支持Markd...
