1. 在任意文件夾下面創(chuàng)建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夾系列。 2. 在創(chuàng)建好的文件夾下面，比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/...
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生信入門之初級作業(yè)及答案
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三代測序技術(shù)簡介現(xiàn)在的第三代測序技術(shù)中，主要以PacBio公司的SMRT和Oxford的Nanopore技術(shù)為主。與前面的兩代技術(shù)比較，第三代最主要的特點(diǎn)在于單分子測序，就是測序的過程無需進(jìn)...
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全基因組組裝，注釋與評估軟件集錦（更新于2020.03.20）
1.Assembly 1.1質(zhì)體基因組 1.1.1NOVOPlasty program language：Perl Reference： 10.1093/nar/gkw95...
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基因家族分析八(計(jì)算串聯(lián)重復(fù)基因KAKS值)1.準(zhǔn)備文件 即要是1，2是一對串聯(lián)重復(fù)，就將其放在一個(gè)文件內(nèi)。在上一步獲得的文件，一對重復(fù)基因是一行，所以我們就將兩列一行轉(zhuǎn)為一列兩行，并以兩行為準(zhǔn)分割文件，最后利用生成的...
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48個(gè)實(shí)用的生信在線工具在線工具一般具有“功能強(qiáng)大、操作簡單、無需安裝、用完就走”的特點(diǎn)，輕松實(shí)現(xiàn)“用別人的服務(wù)器分析自己的數(shù)據(jù)”。 基因結(jié)構(gòu)繪制 1.Exon-Intron Graphic Mak...
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使用MAKER進(jìn)行基因注釋(基礎(chǔ)入門）
在基因組注釋上，MAKER算是一個(gè)很強(qiáng)大的分析流程。能夠識別重復(fù)序列，將EST和蛋白序列比對到基因組，進(jìn)行從頭預(yù)測，并在最后整合這三個(gè)結(jié)果保證結(jié)果的可靠性。此外，MAKER還...
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基因家族分析1 || 基本概念及數(shù)據(jù)下載基本分析內(nèi)容 ? 基因家族概念? 數(shù)據(jù)庫檢索與成員鑒定? 蛋白成員基本特性和基因結(jié)構(gòu)分析? 多序列比對和進(jìn)化樹分析? 保守結(jié)構(gòu)域和模體分析（motif注釋...
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常用生物信息學(xué)分析在線網(wǎng)址生物信息學(xué)分析和作圖是科研狗們的必備技能。近幾年，隨著數(shù)據(jù)類型的增多，excel、SPSS等常用軟件已經(jīng)不能滿足科研需求了。R語言以其方便、快捷的優(yōu)勢，迅速獲得許多編程技術(shù)不...
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Phylogeny系統(tǒng)進(jìn)化樹的一鍵化構(gòu)建——Perl_pipeline背景 一行命令構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。其實(shí)這個(gè)想法去年的時(shí)就開始構(gòu)思了。當(dāng)時(shí)在給師兄師姐幫忙構(gòu)建幾個(gè)基因家族的系統(tǒng)進(jìn)化樹，還是用著以前本科時(shí)候就學(xué)會的幾個(gè)Windows下的建樹軟件M...
